A Cardiopatia Congênita se apresenta como uma variedade de anormalidades na anatomia e/ou função cardíaca e pode ser classificada como acianótica ou cianótica. O tratamento dessa patologia se dá inicialmente pela estabilização dos sintomas, através da suplementação de oxigênio e a administração de medicamentos, como por exemplo, o alprostadil, visando melhorar a qualidade de vida dos pacientes e prepará-los para correção cirúrgica. O objetivo desse trabalho foi traçar o perfil do uso do alprostadil em pacientes neonatos com cardiopatia congênita. Trata-se de um estudo descritivo, transversal, retrospectivo e com abordagens quantitativas, realizado em um hospital terciário da rede pública do Estado do Ceará. Foram avaliados 79 prontuários de pacientes no período de janeiro de 2015 a setembro de 2019 que fizeram uso de alprostadil com diagnóstico ou não de cardiopatia congênita. Observou-se que o perfil de neonatos que utilizaram o alprostadil foi de 12,7 dias de vida, peso médio de 2712,8g, classificados adequadamente quanto ao peso e a idade gestacional. A prevalência de cardiopatia congênita foi maior no sexo masculino, cor parda e RN a termo. O cateter de inserção periférica e a ventilação mecânica induzida foram as formas de acesso e oxigenação mais utilizadas. O ecocardiograma foi realizado em 86% dos recém-nascidos, notificando 78% das cardiopatias cianogênicas. Conclui-se que o uso do alprostadil possui segurança e eficácia, entretanto sozinho não é suficiente para aumentar os dias de vidas dos pacientes neonatos com cardiopatia complexa/múltipla, visto a severidade das alterações.