Les études concernant les interactions entre l'aquaculture et l'environnement sont importantes pour une gestion durable et responsable des activités aquacoles et de leurs effets environnementaux. L'appréciation des perturbations occasionnées par l'exploitation piscicole des cages flottantes installées dans la lagune d'Aghien (Secteur 1 de la lagune Ebrié) sur la communauté de macroinvertébrés benthiques sous-jacente est basée sur la comparaison des données obtenues au niveau de ces cages et celles d'une station Témoin. Le prélèvement des macroinvertébrés benthiques a été effectué suivant les 4 saisons avec une benne Van Veen entre août 2016 et juillet 2017. L'identification des organismes a été effectuée à l'aide de clés spécialisées. L'analyse des résultats révèle une différence significative (p0,001) entre les données obtenues au niveau des deux stations. L'Indice de Shannon (H) et l'Equitabilité (E) au niveau des cages flottantes (H= 1,64 ; E=0,62) sont inférieurs à ceux obtenus au niveau de la station Témoin (H'= 2,83 ; E=0,84). L'Indice de Sorensen (SI) de valeur 0,326 confirme cette différence. Les perturbations, au niveau des cages, sont manifestées par la prolifération des organismes caractéristiques de milieux eutrophes tels que les Mollusques (40,03%) et les Annélides (30,62%). Par contre au niveau de la station Témoin, ce sont les Insectes (63,22%), plutôt sensibles, qui dominent.