Danau Aur memiliki biodiversitas yang kompleks baik jenis maupun manfaatnya. Salah satu yang menarik yaitu mikroalga, khususnya dari divisi Cyanobacteria. Tujuan penelitian ini untuk melihat keanekaragaman mikroalga divisi cyanobacteria di Danau Aur. Penelitian yang dilakukan dengan metode survei. Sampel diambil dari 5 stasiun dengan 3 ulangan. Mikroalga yang diperoleh diamati, diidentifikasi dan dianalisis dengan keragaman. Berdasarkan hasil penelitian, divisi Cyanobacteria di Danau Aur terdiri dari 2 kelas, 3 ordo, 3 famili, 5 genera dan 6 spesies. Mikroalga divisi Cyanobacteria yang ditemukan: Anabaena sp., Anacystis sp., Gelocapsa sp., Lyngbya sp., Oscillatoria sp. dan Oscillatoria limosa. Keanekaragaman tertinggi ditemukan di stasiun 1 (0,11) sedangkan keragaman terendah ditemukan di stasiun 2 (0,01). Hasil ini menunjukkan bahwa keanekaragaman mikroalgadivisi Cyanobacteria di Danau Aur rendah.