Rumah Sakit wajib memberikan pelayanan yang berkualitas sesuai dengan Standar Pelayanan Minimal (SPM) yang telah di tetapkan. Upaya untuk meningkatkan kualitas pelayanan kefarmasian di rumah sakit dapat dilakukan dengan penerapan peresepan elektronik. Penelitian bertujuan untuk mengetahui perbedaan kualitas pelayanan kefarmasian antara peresepan konvensional dan peresepan elektronik. Desain penelitian adalah observasional analitik dengan rancangan cross sectional study. Sampel berjumlah 431 resep diambil dengan teknik random sampling. Uji statistik pada variabel waktu tunggu dan kepuasan pasien yaitu uji t–independen sedangkan variabel kesalahan pemberian obat dan kesesuaian resep dengan formularium digunakan uji chi_square dengan tingkat kemaknaan 0,05. Hasil penelitian menunjukan terdapat perbedaan waktu tunggu (p value:0,000), kepuasan pasien (p value:0,000) dan kesesuaian resep dengan formularium (p value:0,000) antara peresepan elektronik dengan peresepan konvensional. Namun tidak terdapat perbedaan kejadian kesalahan pemberian obat antara peresepan elektronik dengan peresepan konvensional (p value:0,063). Penelitian ini menunjukkan bahwa kualitas pelayanan kefarmasian pada peresepan elektronik lebih baik dibandingkan dengan peresepan konvensional. Pimpinan dan manajerial RSUD M.Natsir hendaknya mengimplementasikan peresepan elektronik ini pada instalasi rawat jalan dan rawat inap sehingga kualitas pelayanan kefarmasian dapat ditingkatkan.