Evaluation of different warping methods for the analysis of CE profiles of urinary nucleosides

Szymańska, Ewa; Markuszewski, Michał J.; Capron, Xavier; Nederkassel, Anne-Marie Van; Heyden, Yvan Vander; Markuszewski, Marcin; Krajka, K; Kaliszan, Roman

doi:10.1002/elps.200600417

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“…For our data, the application of the trilinearity constraint was also advantageous to the bilinear model because it helped to preserve unimodal peak shapes and, by that, more accurate resolution and quantification estimates (unpublished data, available on request). Because in the CE data shifts of peaks were present (similar to shifts observed in [26], but not corrected during the current data preprocessing, see Fig. 2), the application of the trilinearity constraint without synchronization has been the best choice.…”

Section: Resolution Of Nucleosides In Biological Samples By Mcr-alsmentioning

confidence: 94%

“…1) in the spectral range of 190-210 nm, where the original S/N ratio was inappropriate for peak deconvolution. More details about the applied baseline correction and denoising tools and their efficiency in the case of similar electrophoretic data are described in an earlier study [25].…”

Section: Chemometric Methodsmentioning

confidence: 99%

“…The baseline drift of each multidimensional electrophoretic profile was corrected with the selection of minimum points in a data point window and the estimation of a new baseline by linear interpolation [25] (in-house elaborated Matlab routine).…”

Section: Chemometric Methodsmentioning

confidence: 99%

“…A different strategy is required compared with CE fingerprinting, where the main preprocessing challenge is to synchronize electrophoretic profiles by correcting migration time shifts using peak alignment procedures [10,25,26].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

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Efficient recovery of electrophoretic profiles of nucleoside metabolites from urine samples by multivariate curve resolution

et al. 2009

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Chemometric techniques usually employed in purity assessment and resolution of multicomponent peaks have been applied to analytical data from complex biological samples obtained with CE-DAD. In the assessment of the purity of the electrophoretic peaks, the orthogonal projection approach, the orthogonal projection approach with Durbin-Watson criterion, and the simple-to-use interactive self-modeling mixture analysis method have been employed. Multivariate curve resolution with alternating least squares has been successfully implemented to resolve co-migrating peaks of metabolites in CE-DAD and to recover qualitative and quantitative information about co-migrating components of urine extract. The main challenge consisted of developing high-quality multivariate curve resolution with alternating least squares models of multicomponent peaks acquired during the CE analysis of nucleoside patterns in 18 urine samples. The recovered ultraviolet visible (UV-Vis) spectra have been employed to identify additional nucleosides, such as 1-methylinosine, 2-methylguanosine, and 1-methylguanosine, whose presence in the metabolic profile produced by the applied CE-DAD method has not yet been recognized. Concentration profiles of these compounds can be used in metabonomic studies.

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Section: Resolution Of Nucleosides In Biological Samples By Mcr-alsmentioning

confidence: 94%

Section: Chemometric Methodsmentioning

confidence: 99%

Section: Chemometric Methodsmentioning

confidence: 99%

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

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Efficient recovery of electrophoretic profiles of nucleoside metabolites from urine samples by multivariate curve resolution

et al. 2009

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“…Compostos heteromonocíclicos aromáticos 67 Diversos trabalhos em metabolômica têm se dedicado à busca de biomarcadores para o câncer de bexiga utilizando tanto abordagem target [160][161][162][163] quanto untarget. 1,[164][165][166][167][168][169] A urina é utilizada como matriz alvo em alguns estudos de busca de biomarcadores para o diagnóstico da doença.…”

Section: Compostos Heteropolicíclicos Alifáticos 40unclassified

Avaliação analítica de potenciais biomarcadores para câncer de bexiga em urina

Alberice¹

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A Deus pela dádiva da vida e força para vencer os obstáculos e alcançar meus objetivos.Aos meus pais Claudir e Aparecida pela oportunidade de estudar, por todo apoio e amor incondicional. Ao meu irmão Wellington pelo carinho e paciência.Ao meu namorado Camilo pelo companheirismo, amor, paciência e por me ajudar a ser uma pessoa melhor.Aos meus familiares que contribuíram e contribuem para o meu crescimento agradeço pelo apoio, carinho e torcida.Às minhas queridas amigas de infância Aline, Carol, Rachel, Giovana e Vanessa com as quais sei que posso contar independente da distância. Em especial agradeço à Rachel por me escutar e me entender, ainda que nenhuma palavra seja dita.Agradeço imensamente ao Prof. Dr. Emanuel, por todos esses anos de orientação e amizade, pela oportunidade e confiança no desenvolvimento do trabalho. Sou muito grata e honrada de poder ter crescido profissionalmente dentro do BioMicS. ResumoO câncer de bexiga é uma neoplasia urogenital que acomete homens e mulheres, sendo que somente no Brasil 8.600 novos casos ao ano são diagnosticados. Cistoscopia transuretral é a conduta padrão no diagnóstico e acompanhamento do câncer de bexiga. Entretanto, tal procedimento é extremamente invasivo e doloroso além de ter elevado custo e não garantir todos os resultados. Assim, busca-se por marcadores moleculares que possam auxiliar no diagnóstico e progressão do câncer de bexiga, bem como diminuir a necessidade de exames invasivos no acompanhamento de pacientes tratados. Nesse sentido, a urina tem papel de destaque como fonte de biomarcadores devido principalmente ao seu caráter não invasivo.Nesse trabalho foram utilizadas duas abordagens 'ômicas': proteômica e metabolômica, para a busca de biomarcadores em urina para o diagnóstico e prognóstico do câncer de bexiga, respectivamente. Com a abordagem proteômica buscou-se apenas por biomarcadores para o diagnóstico da doença e, utilizando as técnicas de eletroforese 2-DE, OFFGEL e MS, juntamente com análise estatística multivariada, foi possível identificar 32 proteínas que apresentam-se como potenciais marcadores para o câncer de bexiga. A abordagem metabolômica foi empregada para a busca de biomarcadores para reincidência e progressão da doença. As técnicas analíticas utilizadas nessa abordagem, LC-MS e CE-MS, mostraram-se complementares e, dos resultados obtidos com ambas e avaliados com análise estatística multivariada foi possível indicar 19 metabólitos para reincidência e 23 metabólitos para progressão do câncer de bexiga.Assim, neste trabalho explorou-se como as ciências 'ômicas', a qual abrange técnicas analíticas de high-throughput, estatística multivariada e ferramentas de bioinformática auxiliando na descoberta de potenciais biomarcadores não invasivos para o diagnóstico e prognóstico do câncer de bexiga. Portanto, o presente estudo foi de grande importância e relevância à medida que ilustrou como tais técnicas podem potencialmente auxiliar no diagnóstico e prognóstico de doenças e contribuir para tratamentos personalizados no futuro, indicando ...

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