OBJETIVO: Este estudo pretendeu monitorar as condições higiênico-sanitárias em cantinas de escolas públicas do estado de Goiás, investigadas na pesquisa Avaliação e Monitoramento da Qualidade dos Alimentos Oferecidos na Merenda Escolar, Goiás, desenvolvida de 2004 a 2007. MÉTODOS: A partir de 2004, foi realizada pesquisa em escolas públicas de Goiás envolvendo três etapas. Na primeira, de 2004 a 2005, foram diagnosticadas as condições higiênico-sanitárias das cantinas dessas escolas, utilizando-se check list. Na segunda etapa, de 2005 a 2007, promoveram-se ações de intervenção nas escolas com capacitação de pessoal técnico. Na terceira etapa, em 2010, foram monitoradas condições higiênico-sanitárias das cantinas em dezoito escolas participantes da primeira etapa, utilizando-se o mesmo check list a fim de comparar a dimensão higiênico-sanitária da alimentação escolar nos dois momentos. O projeto foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa da Universidade Federal de Goiás. RESULTADOS: As escolas estudadas cumpriram parcialmente as exigências legais, visto que as inadequações dos itens avaliados - higiene pessoal, condições da edificação, equipamentos e utensílios, higiene operacional e processamento - estavam presentes em 44,9% das cantinas investigadas no período de 2004 a 2005, e em 37,1% das avaliadas na investigação atual, o que coloca em risco a qualidade higiênico-sanitária da alimentação produzida. CONCLUSÃO: Comparando as etapas de investigação, verificou-se melhora de conformidade apenas nos itens do bloco higiene operacional. Tais resultados reforçam a necessidade de adequação física das cantinas escolares e de capacitação periódica, com vistas à melhoria permanente na produção da alimentação escolar.