Olhar para Biodiversidade sob a ótica da Sistemática Filogenética é garantir que a evolução assuma o status central no ensino de Ciências e Biologia. Este artigo tem como objetivo analisar as concepções docentes acerca da Diversidade Biológica na perspectiva cladística, a fim de identificar formação, domínio, aplicação e articulação desses saberes e práticas. A partir de pesquisa qualiquantitativa são discutidas as concepções de participantes que foram obtidas por meio de questionário aberto e análise de seus conteúdos em categorias. Obteve-se a participação de 66 docentes que, a partir da experiência em sala de aula, foram divididos em quatro grupos, entre iniciantes, experientes e formadores. As análises indicam que 93,4% dos participantes tiveram formação inicial em filogenia, sobretudo nos componentes de zoologia e botânica e com a utilização de cladogramas. Os participantes consideram os termos cladogramas, sinapomorfia, apomorfia, Biodiversidade e homologia, como imprescindíveis para compreensão das relações filogenéticas. Entretanto, apresentam equívocos e imprecisões, tanto nas definições quanto nas aplicações conceituais. Os docentes utilizam argumentos pautados em seleção natural, adaptação, cladogênese, anagênese, especiação, variabilidade genética, coevolução, extinções e parentesco para justificarem e estabelecerem relações entre Evolução e Biodiversidade. Mutação não foi mencionada, em nenhum dos grupos, como uma das fontes de variabilidade genética. Mesmo ante as dificuldades, 74% alegaram usar cladogramas em suas aulas e que este recurso facilita a compreensão e visualização de toda variedade de organismos, além de promover o ‘pensamento em árvore. Defendem que a Sistemática Filogenética é uma forma de integrar o ensino de Biodiversidade, mas que é necessário investir em formação, pois os conceitos são difíceis de serem ensinados, ao ponto de gerar inibição na participação do questionário. Por fim, um caminho promissor pode ser, além de formação continuada, a produção de bibliografias, para educação básica, com a temática.