Fikobiliprotein yang terdiri dari fikosianin, allofikosianin, dan fikoeritrin, merupakan komponen bioaktif yang terdapat pada Spirulina platensis (SP). Fikobiliprotein berfungsi sebagai antioksidan dan antikanker. Metode ekstraksi secara pengadukan dan freezing-thawing dipilih karena sederhana, dan paling mudah untuk diterapkan pada skala industri. Penelitian ini membandingkan kinerja secara pengadukan dan freezing thawing pada ekstraksi fikobiliprotein (PBP) dari SP dengan pelarut air suling. Variabel yang diteliti adalah waktu pengadukan (1-30 menit), perbandingan pelarut terhadap biomassa (10-200 mL/g), waktu pembekuan (1-16 hari), serta kombinasi antara waktu pengadukan dan pembekuan. SP segar dan kering diperoleh dari CV. Paring Spirulina, Maguwoharjo, Sleman, Yogyakarta. SP segar (5 g) ditambah air suling (10-50 mL), diaduk dengan pengaduk magnetik (300 rpm), ekstraksi, dan penyaringan vakum. Filtrat yang dihasilkan diukur absorbansinya menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 562, 615, dan 652 nm. SP kering (0,5 hingga 5,0 g) ditambah air suling, lalu diaduk seperti prosedur pada SP basah. Metode freezing-thawing dengan pengadukan dimulai dengan pembekuan SP, dilanjutkan dengan thawing, pengadukan, dan penyaringan vakum. Waktu pengadukan 1-5 menit (tanpa pembekuan) memberikan hasil PBP 10,39±0,44 mg/g SP kering. Waktu pembekuan 16 hari (dengan atau tanpa pengadukan) memberikan hasil PBP yang relatif tinggi, yaitu 68,15±2,89 mg/g SP kering. Perbandingan pelarut terhadap biomassa (S/B) optimum pada 100 mL/g SP kering. Aktivitas antioksidan PBP yang ditunjukkan dengan nilai IC 50 adalah 47,19±0,04 mg/L (dari SP segar), dan 42,63±0,08 mg/L (dari SP kering) pada kondisi ekstraksi yang optimum.