Genetic diversity of the Neotropical otter (Lontra longicaudis Olfers, 1818) in Southern and Southeastern Brazil

Abstract

The Neotropical otter is one of the least known otter species, and it is considered to be threatened to various degrees throughout its geographic range. Little information exists on the ecological characteristics of this species, and no genetic study has been published about it until now, hampering the design of adequate conservation strategies for its populations. To contribute with genetic information to comprehensive conservation efforts on behalf of L. longicaudis, we characterized the molecular diversity of the 5' portion of the mtDNA control region in samples from this species collected in Southern and Southeastern Brazil. The sequence analysis revealed a high level of haplotype diversity (h = 0.819; SE = 0.0052) and nucleotide variability ranging from 0.0039 to 0.0067. One of the sampled haplotypes was the most common in both regions and, from this sequence, several other (locally occurring) haplotypes could be derived by single point mutations. No significant genetic differentiation was observed between the Southern and Southeastern regions.Keywords: Lontra longicaudis, mitochondrial DNA, control region, genetic diversity. Diversidade genética da lontra Neotropical (Lontra longicaudis Olfers, 1818) no Sul e Sudeste do Brasil ResumoA lontra Neotropical é uma das espécies de lontras menos conhecidas e apresenta diferentes graus de ameaça ao longo de sua distribuição geográfica. Pouca informação existe a respeito de aspectos ecológicos desta espécie e nenhum estudo genético foi publicado até o momento, dificultando a delimitação de estratégias adequadas de conservação para suas populações. Para contribuir com informação genética aos esforços de conservação de L. longicaudis, a diversidade molecular da porção 5' da região controladora do DNA mitocondrial foi caracterizada em amostras desta espécie coletadas nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. A análise das seqüências revelou um alto nível de diversidade haplotípica (h = 0,819; SE = 0,0052) e variabilidade nucleotídica entre 0,0039 a 0,0067. Um dos haplótipos encontrados foi o mais comum em ambas as regiões e, desta seqüência, diversos outros haplótipos (de ocorrência restrita) podem ter se derivado através de mutações pontuais. Nenhuma diferenciação genética significante foi observada entre as regiões Sul e Sudeste.Palavras-chave: Lontra longicaudis, DNA mitocondrial, região controladora, diversidade genética.

Non-invasive genetic analysis reveals high levels of mtDNA variability in the endangered South-American marine otter (Lontra felina)

“…Therefore, calculations were based on a final data set comprising 24 sequences assumed to be from different individuals (see Table 1). This sample size is identical or similar to previous genetic analyses of other Lontra species in South America (Centrón et al 2008;Trinca et al 2007). …”

“…Comparable data for other Lontra species are rare, but a recent study of Southern river otters (Lontra provocax), also classified as Endangered by the IUCN, from two disjunct regions in Argentinean Patagonia yielded only a single mtDNA control region haplotype in 13 individuals, although four different cytochrome b haplotypes were found in 34 animals analysed (Centrón et al 2008). In an analysis of 491 bp of the mtDNA control region the third South-American Lontra species, the Neotropical otter (Lontra longicaudis), was found to exhibit a haplotype diversity similar to ours (0.82), but a more than twofold lower nucleotide diversity of 0.0049 (Trinca et al 2007). Neotropical otters are also considered to be threatened, but, due to lack of information, their present IUCN status is Data Deficient.…”

An evaluation of field and noninvasive genetic methods for estimating Eurasian otter population size

“…The number of NGS-based studies taking place on Eurasian otters has increased significantly, and there are also a few recent studies on some of the less well-known otter species (e.g. Garcia et al 2007;Trinca et al 2007;Koepfli et al 2008). There has been, however, no evaluation of existing studies and methods for otters as yet, though such reviews have been found very useful for other species, such as bears (Paetkau 2003;Bellemain et al 2005;Solberg et al 2006).…”

Impacto de um desastre natural sobre o habitat e a ocorrência de Lontra longicaudis (Mustelidae, Carnivora) na Serra da Prata, Paraná, Brasil

“…Putman (1984), as fezes são um importante meio utilizado pelos mamíferos para a marcação de território. Apesar de não ser possível estimar a população da espécie no Rio das Pombas (controle) sem um método específico para este objetivo, como o uso do DNA presente nas fezes (Trinca et al, 2007(Trinca et al, , 2013, a ocorrência da lontra nesse rio foi confirmada por meio de expressiva quantidade de amostras fecais, evidenciando que este possui características ambientais favoráveis à ocupação pela espécie.…”