Genome sequence of a divergent Colombian isolate of potato virus V (PVV) infecting Solanum phureja

Abstract

Summary. -Deep sequencing analysis of the transcriptome of a Solanum phureja cv. Criolla Colombia plant with symptoms typical of a virus disease revealed an infection with potato virus V (PVV). Th e PVV-phureja genome comprises 9904 nt, exhibits 83% nucleotide identity with currently fully sequenced PVV isolates and contains one large ORF that codes for a polyprotein of 3065 residues fl anked by 5' and 3' UTR of 217 and 448 nt, respectively. Phylogenetic analysis of the PVV-phureja polyprotein indicates that it is divergent with respect to most PVV isolates. Th is is the fi rst complete PVV genome of an isolate infecting a host diff erent to S. tuberosum and, to this date, the only one from the South American Andes.

Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia)

“…En cultivos de papa de todo el mundo, se ha reportado principalmente a las especies de potyvirus PVY, PVV y PVA, como las más prevalentes (Karasev y Gray, 2013;He et al, 2014;Gutiérrez et al, 2016). En este trabajo se evaluó mediante pruebas moleculares de RT-PCR, la presencia de dichos virus en cultivos de papa del oriente de Antioquia, encontrándose la ocurrencia de los virus PVY y PVV, pero no de PVA.…”

“…PVV sólo se ha detectado sobre plantas de papa criolla (S. phureja) con síntomas de mosaicos (Gutiérrez et al, 2014;Gutiérrez et al, 2016;Álvarez et al, 2016); y se ha registrado sobre variedades de S. tuberosum en otros sitios como Perú (Spetz et al, 2003), Costa Rica (Vásquez et al, 2006), Estados Unidos (Shiel et al, 2004), Europa (Oruetxebarria et al, 2000;Mortensen et al, 2010) e Irán (Shamsadden-Saeed et al, 2014).…”

DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL POTATO VIRUS B (PVB) EN CULTIVOS DE PAPA CRIOLLA (Solanum phureja) EN ANTIOQUIA

“…1). El hallazgo del PVB en cultivos de papa en Colombia es el primer registro de este virus por fuera del Perú (De Souza et al, 2017); los virus restantes ya han sido reportados en múltiples ocasiones para ambos hospedantes en esta región del oriente de Antioquia (Gutiérrez et al, 2016;Vallejo et al, 2016;Gallo et al, 2019;Sierra et al, 2020) y por tanto los resultados que se describen a continuación se centrarán en la caracterización del genoma de este nepovirus, cuya secuencia fue depositada en GenBank con los números de accesión MT521733 y MT521734 con el nombre del aislamiento PVB_phureja.…”

“…Lagerh) y diversas enfermedades de origen viral (Navas y Díaz, 2012). Los agentes causales de las enfermedades virales hasta ahora detectados en este cultivo en Antioquia incluyen Potato leafroll virus (PLRV), Potato mop-top virus (PMTV), Potato virus S (PVS), Potato virus V (PVV), Potato virus X (PVX), Potato virus Y (PVY) y Potato yellow vein virus (PYVV) (Sánchez et al, 1991;Gil et al, 2011Gil et al, , 2012Gil et al, , 2013Guzmán et al, 2012;Villamil-Garzón et al, 2014;Álvarez et al, 2016;Gutiérrez et al, 2016;Mesa et al, 2016;Vallejo et al, 2016;Gallo et al, 2019).…”

Diseño de cebadores específicos para la detección por RT-PCR del <i>Potato Virus</i> Y (PVY)

“…Los valores de Ct encontrados se presentaron en el rango de 16,41 a 21,11 y los de Tm entre 79,5 °C y 80,5 °C, lo que concuerda con el reporte original de Álvarez et al, (2016) para estos cebadores (Tm=78,7 °C -80,2 °C). La clara discrepancia entre los resultados encontrados para PVY con las pruebas de ELISA y RT-qPCR, nos condujeron a evaluar in silico la especificidad de los cebadores PVY-1 FP/RP utilizando como base de comparación los genomas de aislamientos colombianos de PVV y PVY recientemente publicados (Álvarez et al, 2016;Gutiérrez et al, 2016;Muñoz et al, 2016a, b), además de otros genomas de referencia disponibles en GenBank. En dichos análisis, efectivamente se encontró una región de CP de PVV compatible con la amplificación por estos cebadores de PVY y por tanto se decidió diseñar un nuevo par de cebadores para la detección de PVY sin reactividad cruzada con PVV (Figura 1).…”