Genotyping of Triticum ssp. Hexaploid Species Samples with ISSR-Markers

Kyrienko, A. V.; Rozhkov, R. V.; Парій, М. Ф.; Symonenko, Yu. V.

doi:10.3103/s0095452718040047

Cited by 3 publications

(2 citation statements)

References 12 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…It could be due to the difference in working principles of RAPD and ISSR markers compared to molecular taxonomy method based on DNA barcode region or the large variation in the genetic composition of jewel orchid. This phenomenon was also reported previously in some plant genera such as Ocimum (Chen et al 2013), Triticum (Kyrienko et al 2018), and Salvia (Sunar et al 2020). Although plant identification based on DNA barcode is recommended, the accuracy of this method is variable and depends on plant species and barcode loci (Schori and Showalter 2011).…”

Section: Combined Rapd and Issr Datasupporting

confidence: 72%

Investigation of the genetic diversity of jewel orchid in Vietnam using RAPD and ISSR markers

Tran

PHAM²,

TRINH³

et al. 2022

Biodiversitas

View full text Add to dashboard Cite

Abstract. Tran TKP, Pham MH, Trinh TH, Widiarsih S, Ho VT. 2022. Investigation of the genetic diversity of jewel orchid in Vietnam using RAPD and ISSR markers. Biodiversitas 23: 4816-4825. Jewel orchid is a general name for several genera belonging to the Orchidaceae family, namely Anoectochilus, Doddinia, Goodyera, Ludisia, and Macodes. These plants are generally used as medicinal herbal for common diseases in Vietnam. Due to over-exploitation, the natural resources of jewel orchids are gradually depleted. Therefore, genetic resource research for proper development of this medicinal plant is necessary. This study aimed to investigate the genetic diversity of jewel orchids in Vietnam using RAPD and ISSR markers to provide basic data conservation of genetic resources and the development of this medicinal plant. A total of 20 jewel orchid samples were genetically characterized by using 10 RAPD and 10 ISSR primers. The amplified bands were binary coded and used to construct phylogenetic trees with NTSYSpc 2.1 software. Each RAPD primer produced 5-11 bands with an average of 8.0, and similarity coefficients ranged from 0.52 to 0.81. Each ISSR primer produced 5-10 bands with an average of 7.6, and the similarity coefficients ranged from 0.54 to 0.87. Combined RAPD and ISSR markers produced similarity coefficients ranging from 0.53 to 0.83. Based on the PIC values, the primers used by both markers are highly informative. However, the topology of cluster analysis of 20 jewel orchid accessions does not correspond to the taxa studied. The findings could be potential to employ in future classification, conservation, and development of this plant.

show abstract

Section: Combined Rapd and Issr Datasupporting

confidence: 72%

Investigation of the genetic diversity of jewel orchid in Vietnam using RAPD and ISSR markers

Tran

PHAM²,

TRINH³

et al. 2022

Biodiversitas

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Of these markers, Simple Sequence Repeat (SSR) and Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) based markers are used effectively in DNA fingerprinting, linkage analyses, mapping studies, and genetic diversity studies of wheat genotypes (Ates-Sonmezoglu & Terzi, 2018;Khaled et al, 2015). Compared to other markers, ISSR markers are effective DNA markers in terms of revealing genotype identification, genetic-mapping and genetic diversity of wheat due to their superior advantages, such as being highly polymorphic, repeatable, and less plant material requirement (Khaled et al, 2015;Kyrienko et al, 2018). Although they are similar to Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers, ISSR markers are more specific and reproducible than RAPD markers due to their longer oligonucleotide primers and higher annealing temperature (Isshiki et al, 2008).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Assessment of some bread wheat (Triticum aestivum L.) genotypes for drought tolerance using SSR and ISSR markers

2022

View full text Add to dashboard Cite

As a result of the rapid increase in the world population, the need for wheat, which is one of the main nutrition in the human diet, is also rapidly increases. However, due to yield losses caused by abiotic stress factors such as drought, wheat production is not sufficient. Therefore, genetic characterization studies performed on wheat genotypes in terms of drought tolerance are important. In this study, genetic characterization of wheat genotypes regardingdrought tolerance was carried out by using molecular markers associated with drought-tolerance genes. For this purpose, 14 polymorphic markers were used to be able to distinguish between the control groups. Genetic characterization of 27 bread wheat genotypes by using eight ISSR markers revealed a polymorphism rate of 75.8%, and the mean PIC was calculated as 0.55. Based on the results of the genetic characterization performed with six SSR markers, the mean PIC value was 0.77, the mean He was 0.79, and the mean allele number was 6.7. In this study, the characterization of drought-tolerant and sensitive genotypes was carried out, and the potentials of genotypes for breeding studies were revealed. This study also indicates that used SSRs and ISSRs markers are useful in marker-assisted breeding about drought tolerance.

show abstract

Ідентифікація Зразків Полби За Озерненістю Колосків Та Індексами Зернівки

Рожков,

Твердохліб,

Криворученко

et al. 2023

Біорізноманіття, Екологія Та Експериментальна Біологія

View full text Add to dashboard Cite

Зростання попиту на продукцію із зерна малопоширених видів пшениці, яке спостерігається в останні десятиріччя, спонукало селекціонерів активізувати свої дослідження в цьому напрямку. До видів відродження яких, ми спостерігаємо останнім часом в багатьох частинах світу, відноситься і стародавній тетраплоїдний плівчастий вид пшениці – полба звичайна (T. dicoccum). Інтерес до стародавнього виду обумовлений високою якістю зерна та його придатністю до маловитратного органічного землеробства. При створенні нових сортів полби в гібридизації з нею активно залучаються високоврожайні сорти м’якої та твердої пшениць. Наслідком використання в схрещуваннях з полбою голозерних сортів м’якої та, особливо, твердої пшениці стала поява міжвидових гібридних форм. Створені форми за архітектонікою колосу істотно відрізняються від вихідних зразків T. dicoccum, що призвело до таксономічної плутанини. З’явилась потреба в пошуку надійних морфологічних маркерів, які б дозволили вести добори високопродуктивних рослин за морфотипом подібним до таксону T. dicoccum. Зважаючи на морфологічні особливості, за якими сорти твердої пшениці відрізняються від колекційних зразків полби звичайної, ми визначили ознаки, які дозволять ефективно ідентифікувати рослини і проводити добори морфотипу T. dicoccum без зміни її архітектоніки колосу. Запропоновані морфологічні ознаки не створюють обмежень для ідентифікації та культивування в умовах сучасного сільськогосподарського виробництва. До таких ознак ми віднесли озерненість колосків в колосі та крупність та форму зернівок. Для оцінки крупності і форми зернівок у досліджуваних зразків ми використали розроблені нами індекси, ефективність використання яких ми раніше продемонстрували на гексаплоїдних пшеницях. Було показано, що запропоновані індекси зернівки та озерненість колосків дозволяють оцінювати генетичне різноманіття пшениці і достатньо ефективно відбирати морфотипи саме типу T. dicoccum. Використання індексів дає можливість уникати таксономічної плутанини, тобто чітко визначати видову приналежність рослин в гібридних популяціях і новостворених лініях. На основі порівняльного аналізу тетраплоїдних видів пшениці за вказаними ознаками, визначені підходи, щодо відбору та створення нових сортів полби звичайної.

show abstract

Genotyping of Triticum ssp. Hexaploid Species Samples with ISSR-Markers

Cited by 3 publications

References 12 publications

Investigation of the genetic diversity of jewel orchid in Vietnam using RAPD and ISSR markers

Investigation of the genetic diversity of jewel orchid in Vietnam using RAPD and ISSR markers

Assessment of some bread wheat (Triticum aestivum L.) genotypes for drought tolerance using SSR and ISSR markers

Ідентифікація Зразків Полби За Озерненістю Колосків Та Індексами Зернівки

Contact Info

Product

Resources

About