La acuicultura cobra importancia comercial dada la crisis de las principales pesquerías mundiales. Actualmente, existen más de 30 certificaciones internacionales para que las empresas pesqueras y acuícolas acrediten un manejo ambiental adecuado y se evite la crítica y el boicot a estos productos por parte de grupos ambientalistas. En particular, la efectividad, el manejo y la sustentabilidad de las certificaciones enfocadas al sector pesquero han sido criticadas, por lo que actualmente son objeto de estudio y tema de publicaciones científicas. En cambio, las certificaciones acuícolas se han analizado poco y algunas recomendaciones centradas en las certificaciones pesqueras se aplican a las acuícolas. El objetivo de este artículo es identificar, mediante un análisis bibliográfico, si las certificaciones acuícolas han sido objeto de investigaciones científicas de forma equivalente a las dirigidas a las pesquerías, y hacer recomendaciones para su mejora. El resultado del análisis de 49 publicaciones muestra una escasa investigación sobre los efectos que tienen las certificaciones en la acuicultura, en comparación con las certificaciones para pesquerías. Las principales recomendaciones para la mejora de las certificaciones acuícolas son 1) fomentar la participación local de los pequeños productores, 2) la formación de redes multisectoriales, 3) diseñar y difundir normas claras, 4) construir credibilidad y confianza con procesos transparentes y 5) fijarse como meta la sustentabilidad tanto del producto como de los ecosistemas. Se concluye que es necesario un esquema de sustentabilidad acuícola regional que busque alternativas más que certificaciones privadas, principalmente a través de la creación de redes de productores y consumidores, en un esquema de manejo comunitario que fomente el sentido de pertenencia del recurso y, con ello, la conservación de los recursos acuícolas.