В статье представлен комплексный подход к исследованию особенностей химического и надмолекулярного строения пектиновых веществ из растительных тканей льняного стебля во взаимосвязи с закономерностями проявления сорбционных свойств полиуронидов в отношении теофиллина, выбранного в качестве модели азагетероциклических микотоксинов. Сохранность структуры выделяемых пектиновых веществ обеспечивали благодаря использованию методов ферментативной деструкции нейтральных полисахаридов льна и ультразвуковой активации экстракционных процессов. В экспериментальных исследованиях использованы методы Фурье-ИК-спектроскопии, вискозиметрии, ИК-спектрометрии пленок пектина, стационарной сорбции из ограниченного объема, электронной спектроскопии растворов. Анализ результатов сорбционных исследований проведен с использованием диффузионных моделей Бойда, Морриса-Вебера и гелевой диффузии, кинетических моделей Лагергрена, Хо и Маккея. На основании данных о химическом состоянии полиуронидов предложены модели молекулярного строения полимерной цепи и пространственного взаимодействия между макромолекулами в структуре сорбирующего зерна. Прослежено влияние структурной организации полиуронидов на уровень равновесной сорбции в интервале рН 2–6,5, на характеристики внешне- и внутридиффузионного лимитирования массопереноса, а также на константу скорости сорбции и уровень предельной сорбции биополимера. Результаты исследований позволяют прогнозировать сорбционное связывание алкалоидов пектиновыми субстратами на основании данных о соотношении форм галактуронатных звеньев и обеспечить комплексное решение актуальных задач оптимизации кормления жвачных животных, включая предупреждение микотоксикоза многочисленными видами азагетероциклических микотоксинов.