Objetivo: Analisar os resultados da triagem auditiva neonatal e os índices de qualidade propostos pelo Joint Committee of Infant Hearing e Diretrizes para a triagem auditiva neonatal do Ministério da Saúde do Brasil em um programa de triagem auditiva neonatal. Metodologia: O estudo foi do tipo retrospectivo, transversal e descritivo, ocorrendo um levantamento do banco de dados de recém-nascidos que realizaram a triagem auditiva neonatal, incluindo teste e/ou reteste, no período de 2016 a 2018. Foi realizada análise descritiva e análise estatística através do Teste T pareado e a regressão binária logística. Resultados: Dos recém-nascidos triados, uma parcela pequena apresentou uso prolongado de antibióticos e permanência em UTI neonatal por mais que cinco dias, infecções intraútero por TORCH ou Zika, histórico familiar de deficiência auditiva na família, uso prolongado de ventilação mecânica, malformação craniofacial e síndrome genética. Quase a totalidade da amostra passou na triagem, onde apenas cinco falharam em pelo menos uma das orelhas no reteste. Na análise estatística foi observado que a presença da infecção congênita tem 4,5 vezes mais chance da criança falhar no procedimento de emissões otoacústicas evocadas transientes. Conclusão: O programa de triagem auditiva neonatal não está de acordo com alguns critérios de qualidade recomendados: quantidade de crianças encaminhadas ao diagnóstico auditivo, procedimentos e protocolos utilizados na triagem auditiva neonatal para crianças que apresentem indicador de risco para deficiência auditiva, registro dos resultados de triagem auditiva neonatal (teste e reteste) e do diagnóstico auditivo em prontuário. A falta de um banco informatizado de dados unificado dificulta o acesso ao registro dos resultados de procedimentos audiológicos e como consequência, existem dificuldades em se conhecer o real perfil auditivo das crianças nascidas no município.