Nitrat dan fosfat merupakan zat hara yang sangat penting dan dibutuhkan oleh organisme laut untuk metabolisme, pertumbuhan dan reproduksi. Penelitian ini bertujuan menentukan sebaran nitrat dan fosfat di permukaan Perairan Sabu Raijua untuk mengetahui tingkat kesuburan di perairan tersebut. Sampel air diambil secara in situ dan dianalisis menggunakan metode spektrofotometri kemudian diinterpolasi dengan metode Inverse Distance Weighted (IDW) untuk melihat pola sebarannya. Hasil pengukuran menunjukkan bahwa konsentrasi nitrat dan fosfat berada di atas standar baku mutu air laut untuk kehidupan biota laut. Konsentrasi nitrat berkisar antara 0,124 – 0,235 mg/L dengan rata-rata sebesar 0,175 mg/L, sedangkan konsentrasi fosfat berkisar antara 0,010 – 0,038 mg/L dengan rata-rata sebesar 0,017 mg/L. Nitrat menunjukkan pola sebaran yang relatif lebih terkonsentrasi pada daerah-daerah pemukiman penduduk, sedangkan fosfat memiliki pola sebaran yang relatif lebih tinggi pada wilayah perairan bagian barat. Tingkat kesuburan perairan berdasarkan konsentrasi nitrat berada di kategori oligotrofik, sedangkan berdasarkan konsentrasi fosfat berada dalam kategori mesotrofik – eutrofik. Redfield rasio N:P menunjukkan bahwa secara umum nitrogen menjadi faktor pembatas bagi produktivitas primer di Perairan Sabu Raijua.