Le limnosystème est un terme sous-utilisé, qui souffre d’un déficit de conceptualisation. Il est trop souvent réduit à la seule démarche écosystémique concernant un lac ou à une approche valorisant les liens entre un lac et son bassin. La richesse potentielle du concept est discutée à partir d’une épistémologie d’autres termes existants : l’écosystème lentique a comme but l’étude de la biocénose, le système fluvial celle du biotope ; le géosystème valorise la modélisation, l’hydrosystème a été créé pour le bassin fluvial. Cela conduit à revisiter les échelles spatio-temporelles à travers les réflexions d’écosystème fermé favorisant l’isolat lacustre et son endémisme, et celles d’hydrosystème ouvert, dans la pratique tournées jusqu’à présent vers les tributaires plus que vers l’émissaire. Une tentative est faite de cadrer les composantes classiques du géosystème, la structure, le fonctionnement et le comportement, dans les démarches de géographie limnologique différenciant les lacs des étangs et des mares, recherchant les discontinuités entre les masses d’eau, opposant les parts relatives des processus majeurs en eau stagnante (convection libre ou forcée) et les rythmes temporels de brassage. Enfin, la place de la société est débattue en soulignant la mécompréhension envers les plans d’eau artificiels dans les approches écosystémiques, voire hydrosystémiques. Le concept d’anthroposystème limnique serait sans doute apte à répondre à ce problème. Une nouvelle définition du limnosystème est finalement proposée.