Dada la importancia de los peces de agua dulce en la dieta de los ecuatorianos, existe la imperiosa necesidad de conocer más acerca de la calidad de las carnes de las especies nativas de peces en el Ecuador; por ello se realizó el estudio comparativo de la composición nutricional, antioxidante y sensorial del campeche (Chaetostoma fischeri) y la chola (Saccodon wagneri), procedentes de diferentes ríos en La Maná, Ecuador, en la época de verano. El peso promedio de C. fischeri fue de 450,5 gramos (g) y de talla 151 centímetros (cm) y en S. wagneri de 420,5 g y 141 cm. Se utilizó un diseño completamente al azar, con tres repeticiones, donde las variables en estudio estaban dispuestas en forma bifactorial 3×2 (Factor A = Quindigua, Calope, San Pablo; Factor B = C. fischeri y S. wagneri). La valoración química en el C. fischeri tuvo el nivel más alto en humedad (79,27 %) y proteína (27,36 %), mientras la S. wagneri en materia seca (32,80 %), lípidos (8,74 %), ceniza (9,14 %) y en elementos no nitrogenados (25,11 %). En cuanto a la actividad antioxidante, mostraron una elevada actividad de superóxido dismutasa (SOD) en el C. fischeri (7,63 unidades·miligramos-1 –U·mg-1– proteína) en comparación con la S. wagneri (12,60 U·mg-1 proteína). Mediante Absorción atómica se determinó la cantidad de mercurio en el campeche (49 microgramos·kilogramos-1 –µg·kg-1–) y en la chola (48 µg.kg-1). En el presente estudio hubo interacción rio x especie con el mejor desempeño para C. fischeri en los ríos Quindigua y Calope en cuanto a la composición química, actividad antioxidante y análisis sensorial, con los mayores valores en proteína, bajos en lípidos, adecuados resultados en cuanto al olor, color, textura y aceptabilidad.