Realizou-se estudo de agregados espaciais visando a identificar padrões na distribuição espacial da mortalidade neonatal, bem como fatores associados, em Salvador, Bahia, Brasil, 2000-2006. Foram construídos mapas temáticos e usadas técnicas para apreciação formal de dependência espacial. Mediante modelos de regressão linear múltipla (espacial e não espacial) verificou-se a relação entre distribuição espacial dessa mortalidade e fatores selecionados. Evidenciou-se autocorrelação espacial para a mortalidade neonatal (I = 0,17; p = 0,0100), não havendo, portanto, aleatoriedade em sua distribuição. Foi delineado um padrão espacial em que os maiores riscos (> 9,0/1.000 nascidos vivos) concentraram-se em áreas do centro e subúrbio, onde reside a população de menor condição socioeconômica, mostrando-se esta distribuição associada aos fatores de risco analisados. A proporção de nascidos vivos com baixo peso foi a única variável significativamente associada à mortalidade neonatal. Possivelmente, as condições de vida da população contribuíram para a desigual distribuição espacial da mortalidade neonatal nesse município.