A pesquisa tem como objetivo analisar os custos e a produtividade da soja convencional e transgênica no Brasil no período de 2017 e 2018. Esse estudo se caracteriza como quantitativo e descritivo. Utilizou-se de dados secundários de custos da produção da soja, safras de 2017 e 2018, no Brasil, obtidos no site da Companhia Nacional de Abastecimento (CONAB, 2018). Os dados foram organizados numa planilha do Excel e posteriormente submetidos a testes estatísticos, como correlação de Spearman, teste T de Mann-Whitney e regressão linear múltipla, por meio do software Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) versão 24. Os achados evidenciam que existem distinções entre os custos e produtividade entre a soja convencional e transgênica. Uma vez que os custos com agrotóxicos explicam 49% da produtividade da soja transgênica, e ainda, os custos com agrotóxicos possui diferença estatisticamente significativa em comparação com a soja convencional. Além disso, os custos com agrotóxicos apresentaram alta correlação com a produtividade e os custos de fertilizantes, resultado esse não encontrado para a soja convencional.