O presente artigo tem como objetivo por esclarecer a estrutura populacional de cepas de T. gondii e seus padrões de virulência, a caracterização das cepas atípicas, bem como abordar sobre as alterações e complicações relacionadas às cepas de T. gondii. Foram selecionadas 59 referências nas línguas portuguesa, inglesa e espanhola datadas entre os anos de 1992 e 2021 a partir das bases de pesquisa PubMed, SciELO, Elsevier, ScienceDirect e Google Acadêmico, utilizando-se das palavras-chave Toxoplasma gondii, Genotipagem e Toxoplasmose de forma única ou combinada. O T. gondii possui um ciclo de vida com reprodução sexuada bem definido que ocorre na natureza mais raramente em países da América do Norte e Europa. Baseando-se em cepas isoladas nessas regiões, a população de T. gondii foi diferenciada em três linhagens clonais, implicando em uma baixa diversidade genética. Apesar do padrão genotípico observado, a América do Sul, especialmente o Brasil, tem apresentado a existência de uma maior variabilidade genética, caracterizando cepas de genótipo não clonal denominadas atípicas. A existência dessas cepas pode estar associada a ampla distribuição geográfica, fauna e recombinação de cepas clonais através do ciclo sexuado nos felinos. Mesmo que ainda não haja uma correlação bem definida entre virulência dos isolados com a sintomatologia apresentada pelos pacientes com toxoplasmose, sabe-se que estes apresentam uma maior gravidade da doença quando comparados as infecções nos países da Europa e América do Norte, apontando uma possível relação entre o polimorfismo genético das cepas de T. gondii com a patogenia da toxoplasmose.