Resumo Estudo com objetivo de analisar, segundo a perspectiva de gestores e profissionais de saúde, as repercussões da pandemia por Covid-19 para os serviços de referência às hepatites virais no estado de Mato Grosso. Trata-se de pesquisa avaliativa, em abordagem descritiva de dados qualitativos, coletados por meio de entrevistas semiestruturada. A análise temática resultou em duas categorias: “Pandemia de Covid-19 e fragilidades na atenção às hepatites virais” e “Desafios da gestão na atenção às hepatites virais agravados pela pandemia”. Constatou-se dificuldades de organização e implementação de estratégias para favorecer o cuidado, durante a pandemia, por ter redução no serviço administrativo na gestão estadual, ausência de diretrizes para os serviços e limitação no quantitativo de profissional, além da necessidade de remanejamento para atendimento a Covid-19. Os desafios postos pela gestão incluem a prioridade de ações estratégicas para aumentar a testagem e oportunizar acesso aos serviços de referência. Entretanto, a rotatividade de gestores e quantitativo de profissionais repercute no enfrentamento às hepatites. A organização da rede de atenção precisa avançar na governança das ações e serviços e em rearranjos organizacionais capazes de permitir respostas mais rápidas nos fluxos da atenção.