A descoberta das propriedades terapêuticas das plantas é algo antigo, mas para sua utilização, precisa-se identificar as espécies corretamente, e muitas vezes, caracteres morfológicos não são o suficiente. Portanto, o objetivo deste trabalho foi diferenciar através da anatomia, histoquímica e fitoquímica três espécies do gênero Ocimum, amplamente utilizadas para produção de remédios naturais. Para tanto, foram coletadas Ocimum basilicum, O. gratissimum e Ocimum campechianum em quintais urbanos no município de Alta Floresta, estado de Mato Grosso, Brasil. Anatomicamente as espécies Ocimum basilicum e O. gratissimum são similares, enquanto a diferença de O. campechianum se dá pelo número de feixes vasculares e estrutura de raiz. Os testes histoquímicos mostraram a semelhança nos compostos produzidos de potencial medicinal, assim como a fitoquímica revelou a presença de taninos, flavonoides e alcaloides, compostos antioxidantes, expectorantes e anestésicos. A partir dos resultados obtidos, podemos concluir que as espécies possuem anatomia similar assim como a presença de compostos secundários, os quais são tradicionalmente indicados para uso medicinal.