Keanekaragaman jenis Drosophila sp. terdistribusi luas di dunia. Hal penting yang mendasari keanekaragaman tersebut adalah bentuk dan ukuran tubuhnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan Drosophila sp. (lalat buah) dari Tuban, Kediri, dan Tulungagung. Penelitian ini merupakan penelitian ekspos fakto (expost facto research) yang dilakukan dengan cara mengamati ciri morfologi masing-masing daerah yaitu Tuban, Kediri, dan Tulungagung. Selanjutnya dilakukan analisis kesamaan ciri morfologi yang diperoleh dengan indeks similaritas dan disajikan dalam bentuk dendogram untuk mengetahui kekerabatan antar jenis Drosophila sp. dari ketiga daerah tersebut. Hasil pada penelitian ini adalah berdasarkan morfometriknya Drosophila sp. dari daerah Kediri dan Tulungagung memiliki hubungan kekerabatan lebih dekat dibandingkan dengan Drosophila sp. dari daerah Tuban. Didapatkan hasil indeks similaritas antara daerah Kediri dan Tulungagung adalah 0,961 sedangkan indeks similaritas antara daerah Tuban dengan kedua daerah tersebut adalah 0,872. Keragaman Drosophila dari ketiga daerah dipengaruhi oleh jarak antar daerah dan suhu wilayah yang mempengaruhi gen, gene flow, dan rekombinasi.