Nilai-nilai pendidikan Islam yang berpijak pada Al-Qur’an dan Hadis terkait Aqidah, Ibadah, dan Akhlak harus ditanamkan kepada anak-anak terutama melalui lembaga pendidikan formal seperti Madrasah Ibtidaiyah (MI). Artikel ini bertujuan memaparkan bagaimana internalisasi nilai-nilai pendidikan Islam yang dilakukan oleh madrasah melalui pembiasaan dan budaya madrasah. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif deskriptif dengan pengumpulan data melalui dokumen, observasi, dan wawancara mendalam. Subjek penelitian ialah Kepala MI Tarbiyatul Banin Pekalongan, MI Tarbiyatul Islamiyah Winong, dan MI Mansyaul Huda Sendangrejo. Hasil penelitian yakni program dan kegiatan keagamaan yang dikembangkan di MI ditujukan untuk mendidik anak dalam memperkuat aspek aqidah, ibadah, dan akhlak. Kegiatan tersebut dilakukan secara terus menerus setiap hari sebagai sebuah pembiasaan dengan tujuan menjadikannya sebagai budaya madrasah. Beberapa kegiatan tersebut antara lain pembiasaan pembacaan Alquran, Asmaul Husna, Sholat Dhuha berjamaah, Shodaqoh, peringatan hari besar Islam, mencium tangan guru, dan berbuat baik kepada semua. Oleh karena itu, pembiasaan dan budaya madrasah harus dilakukan dengan kerja sama semua elemen sehingga penanaman nilai keislaman dapat membentuk kepribadian anak sesuai ajaran Islam.