A pandemia da COVID-19 trouxe muitos desafios para o setor educacional. Os órgãos gestores, optaram pela suspensão emergencial das aulas nas unidades escolares públicas e privadas no Brasil. Dessa forma, escolas e universidades optaram pelo ensino remoto. Com isso, muitas dificuldades se tornaram evidentes, como por exemplo, a falta de engajamento de muitos estudantes nas aulas remotas, falta de habilidades de professores em aliar as metodologias de ensino com as tecnologias. Nesta perspectiva, este trabalho tem como objetivo compreender os principais desafios enfrentados pelos professores de Ciências nas escolas de rede pública no município de Milagres - CE durante o período pandêmico. Para a elaboração do trabalho, realizou-se uma pesquisa de campo de cunho qualitativo, buscando informações a respeito das dificuldades enfrentadas pelos professores de Ciências. Onde ocorreu em quatro escolas públicas localizada na cidade de Milagres–CE. Os resultados mostram que o ensino remoto através do uso de tecnologias, tornou-se um espaço possível de aprendizagem e que uma das principais dificuldades dos docentes esteve relacionada à falta de competência no uso de plataformas digitais. Destaca-se ainda, a formação docente é essencial para aliar a tecnologia com sua metodoligia como uma forma facilitadora para os alunos. Então, pode-se inferir que só foi possível dar continuidade ao calendário escolar nas instituições de ensino, com a ajuda dos recursos tecnológicos. Portanto, a tecnologia coopera para o ensino e aprendizagem do estudante, e com isso, os professores adotaram o uso de recursos tecnológicos na sua metodologia atual simplificando assuntos complexos no ensino de Ciências.