Caracterizar a estrutura do habitat, identificando a funcionalidade de espécies arbóreas, é uma estratégia importante para auxiliar programas de manejo. Este estudo objetivou caracterizar a estrutura do habitat, identificar a composição ecológica e o tipo de síndrome de dispersão das árvores em fragmentos habitados pelo ameaçado de extinção Callicebus coimbrai, Mata Atlântica em Sergipe. Foram percorridos oito transectos pelo método do quadrante errante, com 780 pontos registrados em 3.166,71m percorridos. Em cada ponto, coletamos o DAP, altura, distância entre dois pontos (árvores), além da identificação da espécie de árvore. Analisamos abundância, densidade, frequência, dominância basal, índice de valor de importância, além do cálculo do índice de diversidade e equitabilidade de Pielou. A distância média entre as árvores foi de 4,05±2,75m, a altura média foi de 11,69±3,10m, e o DAP médio foi de 25,75±13,53cm, com poucas diferenças significativas entre os fragmentos. Em geral, as estruturas são pobres e a composição das árvores é formada principalmente por espécies pioneiras e secundárias iniciais, e espécies com síndrome de dispersão zoocórica. Esses locais apresentam uma estrutura instável para os macacos guigós habitarem. Além disso, estão distantes de outros locais, dificultando a movimentação dos indivíduos. Esses resultados mostram a importância de caracterizar a estrutura, utilizar os traços ecológicos das árvores como medida da qualidade do habitat, auxiliando programas de manejo que visem a preservação e conservação de espécies ameaçadas e seus habitat.