Precision of distances and ordering of microsatellite markers in consensus linkage maps of chromosomes 1, 3 and 4 from two reciprocal chicken populations using bootstrap sampling

Abstract

ABSTRACT. Some factors complicate comparisons between linkage maps from different studies. This problem can be resolved if measures of precision, such as confidence intervals and frequency distributions, are associated with markers. We examined the precision of distances and ordering of microsatellite markers in the consensus linkage maps of chromosomes 1, 3 and 4 from two F 2 reciprocal Brazilian chicken populations, using bootstrap sampling. Single and consensus maps were constructed. The consensus map was compared with the International Consensus Linkage Map and with the whole genome sequence. Some loci showed segregation distortion and missing data, but this did not affect the analyses negatively. Several inversions and position shifts were detected, based on 95% confidence intervals and frequency distributions of loci. Some discrepancies in distances between loci and in ordering were due to chance, whereas others could be attributed to other effects, including reciprocal crosses, sampling error of the founder animals from the two populations, F 2 population structure, number of and distance between microsatellite markers, number of informative meioses, loci segregation patterns, and sex. In the Brazilian consensus GGA1, locus LEI1038 was in a position closer to the true genome sequence than in the International Consensus Map, whereas for GGA3 and GGA4, no such differences were found. Extending these analyses to the remaining chromosomes should facilitate comparisons and the integration of several available genetic maps, allowing meta-analyses for map construction and quantitative trait loci (QTL) mapping. The precision of the estimates of QTL positions and their effects would be increased with such information.

Regiões genômicas associadas a características de desempenho e carcaça no cromossomo 5 de linhagens Brasileiras de galinha

“…Esses fatores podem dificultar a comparação entre os mapas de ligação de diferentes estudos. Portanto, de acordo com Rosário et al (2010), a adoção de medidas de precisão das estimativas, tais como intervalos de confiança para as distâncias genéticas nos mapas, pode ser útil para mensurar a precisão em cada mapa e facilitar comparações com mapas oriundos de outros estudos.…”

“…O marcador teve sua posição definida no genoma por meio da mesma relação utilizada na comparação dos mapas de ligação, ou seja, 1:0,2818 cM:Mpb. O posicionamento dos marcadores flanqueadores no genoma é mais realista, pois os mapas genéticos apresentam diferenças na posição e na distância dos marcadores em diferentes estudos, principalmente em decorrência do tipo e da origem genética da população e do número de marcadores utilizados (Rosário et al, 2010). Embora as posições dos marcadores em mapas de ligação diferentes não sejam comparáveis em virtude da falta de associação das medidas de variação, a sequência do genoma da galinha está disponível e fornece informação genômica mais detalhada.…”

“…Cada macho F 1 foi acasalado com três fêmeas F 1 não aparentadas, tendo-se produzido a geração F 2 CTCT, que totalizou aproximadamente 2.100 animais, ao longo de 17 incubações em oito meses. Das 21 famílias de irmãos completos, foram selecionadas as quatro mais informativas genotipicamente e que tiveram suas progênies F 2 genotipadas, o que totalizou 356 animais (Rosário et al, 2010).…”

“…De acordo com a base de dados ChickenQTLdb (2010), especificamente no cromossomo 5, que perfaz 5% de todo o genoma da galinha (Schmid et al, 2005), já foram mapeados 177 QTL, associados, por exemplo, ao peso corporal (McElroy et al, 2006), à gordura abdominal (McElroy et al, 2006;Zhou et al, 2006;Le Mignon et al, 2009) e ao peso do peito (Le Mignon et al, 2009;Nadaf et al, 2009) (Nones et al, 2006;Ambo et al, 2009;Campos et al, 2009;Baron et al, 2011) e alguns na população CTCT (Rosário et al, , 2010, somente para os cromossomos 1, 3 e 4.…”

Mapeamento simultâneo de QTLs para características de desempenho e de carcaça no cromossomo 5 de populações recíprocas da galinha doméstica

“…Estes QTLs têm possibilitado uma melhor compreensão da arquitetura genética das características de interesse econômico para a avicultura, pois têm caracterizado regiões no genoma da galinha que controlam tais características, definindo as posições, efeitos (aditividade ou dominância) e a porcentagem da variância fenotípica explicada pelo QTL (ROSÁRIO, 2007 Assim, diversos trabalhos têm sido conduzidos com a população TCTC (NONES, et al, 2005(NONES, et al, , 2006CAMPOS et al, 2009a, b;AMBO et al 2007AMBO et al , 2009BOSCHIERO et al 2009;BARON et al 2010) e alguns com a população CTCT (ROSÁRIO, 2007;ROSÁRIO et al, 2010 Red Jungle Fowl, do sudeste asiático (FUMIHITO et al, 1994;YAMADA, 1998 (BURT, 2002;HOSPITAL, 2002;DOERGE, 2002;ANDERSSON, 2004;GEORGES, 2007;JORGE et al, 2007).…”