Objetivo. Evaluar la calidad de la atención a neonatos con indicadores de proceso, en patologías seleccionadas. Material y métodos. Evaluación multicéntrica, transversal de nueve indicadores en 28 hospitales de 11 entidades de México. Se utilizó Lot Quality Assurance Sampling (LQAS) para estándares de calidad y muestra por hospital. Casos seleccionados al azar del Subsistema Automatizado de Egresos Hospitalarios. Se clasifican hospitales como “cumplimiento con estándar”/“no cumplimiento” por indicador y, cumplimiento con IC95% exacto binomial, regional y nacional, según muestreo estratificado no proporcional. Resultados. Ningún indicador cumple el estándar de 75% en hospitales, con 0 a 19 hospitales que cumplen, según indicador. Excepto la identificación oportuna de asfixia perinatal e inicio de antibiótico correcto en sospecha de sepsis temprana, el cumplimiento es <50% en todos los demás indicadores. Conclusiones. La calidad de la atención a neonatos en hospitales es heterogénea y deficiente. Se proponen indicadores para monitorizar iniciativas de mejora.