Research Article Genetic diversity of three indigenous pig breeds in Colombia

Rocha, Juan Felipe; Martínez, Rodrigo; Abuabara, Yesid

doi:10.4238/gmr18161

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“…The high θ estimate in our study is in agreement with the results reported by Gama et al [ 12 ] for native pig breeds from Iberia and its islands (20%) and other studies with European pig breeds, where θ has ranged from 21% [ 70 ] to 27% [ 71 ]. However, our estimate is higher than some results reported for Criollo pig populations alone (11%) [ 11 ] or for Colombian pig breeds (10%) [ 72 ]. The degree of breed differentiation found here is also substantially higher than the between-breed diversity component reported in studies with other livestock species where Criollo breeds were also included, such as cattle [ 5 ], donkeys [ 59 ], horses [ 57 ] and goats [ 58 ].…”

Section: Discussioncontrasting

confidence: 88%

On the origins of American Criollo pigs: A common genetic background with a lasting Iberian signature

et al. 2021

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American Criollo pigs are thought to descend mainly from those imported from the Iberian Peninsula starting in the late 15th century. Criollo pigs subsequently expanded throughout the Americas, adapting to very diverse environments, and possibly receiving influences from other origins. With the intensification of agriculture in the mid-20th century, cosmopolitan breeds largely replaced Criollo pigs, and the few remaining are mostly maintained by rural communities in marginal areas where they still play an important socio-economic and cultural role. In this study, we used 24 microsatellite markers in samples from 1715 pigs representing 46 breeds with worldwide distribution, including 17 American Criollo breeds, with the major focus of investigating their genetic diversity, structure and breed relationships. We also included representatives of the Iberian, Local British, Hungarian, Chinese and Commercial breeds, as well as Wild Boar, in order to investigate their possible influence in the genetic composition of Criollos. Our results show that, when compared with the other breeds, Criollo pigs present higher levels of genetic diversity, both in terms of allelic diversity and expected heterozygosity. The various analyses indicate that breed differentiation overall explains nearly 21% of the total genetic diversity. Criollo breeds showed their own identity and shared a common genetic background, tending to cluster together in various analyses, even though they differ from each other. A close relationship of Criollos with Iberian breeds was revealed by all the different analyses, and the contribution of Iberian breeds, particularly of the Celtic breeds, is still present in various Criollo breeds. No influence of Chinese breeds was detected on Criollos, but a few were influenced by Commercial breeds or by wild pigs. Our results confirm the uniqueness of American Criollo pigs and the role that Iberian breeds have played in their development.

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Section: Discussioncontrasting

confidence: 88%

On the origins of American Criollo pigs: A common genetic background with a lasting Iberian signature

et al. 2021

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“…Al comparar los resultados obtenidos para cada marcador en cuanto a "F ST ", se nota que los microsatélites S0225, SW24, SW632, SW911 y SW936 son moderadamente sensibles para detectar la diferenciación en las poblaciones analizadas con la metodología utilizada, debido a que su valor es inferior al 0.1. Este resultado converge con los reportes de Martínez et al (2004) y Rocha et al (2018). El Valor de "F ST " multilocus refleja la proporción de variación genética debida a la diferenciación entre razas o variedades dentro de la población (Martínez et al, 2000; Yang et al, 2003, el cual para el presente estudio se ubicó en 0.125, siendo su equivalente (Nei, 1973) el "G ST " que resultó en 0.136 (Cuadro 1).…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

“…La subdivisión entre grupos de cerdos criollos y autóctonos fue reportada con anterioridad por Lemus et al (2001), Yang et al (2003), Vicente et al (2008) y Rocha et al (2018) coincidiendo en su mayoría, al igual que en el presente trabajo, con los orígenes geográficos de los mismos. Asimismo, la separación entre los Ibéricos -Alentejanos y razas comerciales, ha sido reportada en la literatura (Martínez et al, 2000; Fabuel et al, 2004; Pérez et al, 2005; Vicente et al, 2008.…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

Diferenciación y distancia genética entre cerdos criollos venezolanos

González

Ramis

Martínez

et al. 2020

ALPA

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Con el objetivo de analizar la diferenciación y distancia genética entre cerdos criollos venezolanos setomaron muestras de pelo de individuos de Capanaparo (n = 29), Cunaviche (n = 32), Guadarrama (n = 31), ElSocorro (n = 26), Hato Masaguaral (n = 22), Guayabal (n = 31), así como los grupos referenciales Landrace (n = 21),Large White (n = 14), Alentejano (n = 29) e Ibérico (n = 30). En el Laboratorio de Genética Molecular del Centro deInvestigaciones en Biotecnología Agrícola en el Instituto de Genética de la Facultad de Agronomía de la UniversidadCentral de Venezuela, se extrajo ADN de los folículos pilosos. Se utilizaron 13 marcadores microsatélites: S0005,S0155, S0215, S0218, S0225, S0227, SW24, SW240, SW632, SW857, SW911, SW936 y SW951. Se amplificaron losfragmentos por la técnica de PCR, se ejecutó electroforesis vertical en geles de poliacrilamida y los fragmentos serevelaron con nitrato de plata. Se calcularon los estadístico “F”, “GST” y se realizó el análisis factorial decorrespondencias múltiples, se obtuvieron las distancia DCy DAy se construyeron los dendrogramas usando lametodología del vecino más cercano. El “FIT” osciló entre 0.029 y 0.414;“FIS” entre -0.126 y 0.414;“FST” entre 0.026y 0.241;“GST” entre 0.043 y 0.293. Las menores distancias se observaron entre los cerdos de El Socorro y Arismendi,y estos a su vez próximos a las razas comerciales. Por otro lado, los cerdos de Guayabal, Capanaparo y Cunaviche seubicaron en clúster separados, siendo los cerdos de Cunaviche los más cercanos a los cerdos de la Península ibérica.Se concluye que existe subdivisión y diferenciación moderada entre las poblaciones de cerdos criollos venezolanos,estando algunos grupos cercanos a las razas comerciales y otros a los cerdos provenientes de la Península ibérica.

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“…El potencial de un MG para su uso en pruebas genéticas depende del HW y DL, así como la variabilidad genética expresada; en poblaciones de CPM se han realizados estudios de caracterización genética con base en MG de tipo microsatélite (Lemus-Flores et al, 2001;Canul et al, 2005). En otras poblaciones de cerdos criollos también han evaluado la variabilidad genética con fines de conservación y mejora genética utilizando MG de tipo microsatélites (Jimenez et al, 2017;Margeta et al, 2018;Rocha et al, 2018); todos los trabajos afines coinciden en la necesidad de implementar programas de conservación con el objetivo de proteger la variabilidad genética. En las pruebas de paternidad las probabilidades de exclusión y no exclusión están en función de las frecuencias alélicas en los progenitores y sus probabilidades de trasmisión a la progenie.…”

Section: Discussionunclassified

Caracterización genética y fenotípica de una población de cerdo pelón mexicano

et al. 2020

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En cerdo pelón mexicano se analizó el pedigrí (n = 305), 16 variables morfológicas (VARMOR; n = 201) y 74 marcadores genéticos (SNP; n = 107) de uso en pruebas de paternidad. Se calculó: ancestros fundadores; tamaño efectivo (Ne); consanguinidad; intervalo generacional (IG); estadísticos F de Wright (FST, FIS y FIT). Las VARMOR fueron: longitud de cabeza, ancho de cabeza, longitud de hocico, ancho de hocico, longitud de oreja, ancho de orejas, distancia entre orbitales, altura a la cruz, ancho de pecho, circunferencia de pecho, longitud de cuello, ancho de cuello, perímetro de caña, longitud de cuerpo, ancho de pelvis, perímetro abdominal; se analizaron con el modelo mixto: y = μ + si + gj + β1 + β2 + mad + ε, donde: y, variable respuesta; μ, media; si, sexo; gj, granja; β1 y β2, lineal y cuadrático de la covariable edad del individuo; mad, efecto aleatorio de la madre; ε, residuales. Con la matriz de correlaciones se realizó un análisis de componentes principales. En los SNP se estimó el contenido de información polimórfica (PIC) y sus componentes, así como las probabilidades de no exclusión combinada (PNE). Ne = 92.10; ancestros que explican el 50% del pedigrí = 7; porcentaje de animales consanguíneos = 2.3%; consanguinidad promedio = 0.11%; IG promedio = 1.69 años. FST = 7%; FIS y FIT de -0.083 y -0.006, respectivamente. El mad explicó, en promedio, el 54.3% de la variabilidad. Para PIC, el promedio fue de 0.266 con valores en el intervalo de 0.018 a 0.375; las PNE fueron en el intervalo de 0.007 a 3.1E-22.

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Research Article Genetic diversity of three indigenous pig breeds in Colombia

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On the origins of American Criollo pigs: A common genetic background with a lasting Iberian signature

On the origins of American Criollo pigs: A common genetic background with a lasting Iberian signature

Diferenciación y distancia genética entre cerdos criollos venezolanos

Caracterización genética y fenotípica de una población de cerdo pelón mexicano

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