O objetivo do estudo foi avaliar a associação entre suporte ventilatório no período neonatal e doenças respiratórias até os seis anos de idade. Estudo de coorte de nascimentos de base populacional. A exposição principal foi o suporte ventilatório ao nascimento, definido como o uso de pressão contínua positiva nasal (CPAPn) e/ou ventilação mecânica (VM) por mais de três horas, desde o momento da hospitalização ao nascimento até os 28 dias. Os desfechos foram chiado no peito nos últimos 12 meses, diagnóstico médico de asma alguma vez na vida e episódio de pneumonia ocorrido até os seis anos de idade. Foram realizadas análises brutas e ajustadas para potenciais variáveis de confusão, usando regressão de Poisson. Foram analisadas 3.624 crianças. O uso de CPAPn e VM ou unicamente VM esteve associado com maior frequência de diagnóstico médico de asma, mesmo após ajuste para características maternas e das crianças (RP = 2,24; IC95%: 1,27-3,99). Os resultados do presente estudo alertam para as complicações respiratórias, em médio prazo, decorrentes do suporte ventilatório realizado no período neonatal.