Bakteri endofit memiliki kemampuan untuk hidup dan menginvasi jaringan tanaman serta mempunyai sifat antagonis terhadap patogen tanaman dengan berbagai mekanisme. Penelitian bertujuan untuk mengetahui mekanisme dan persentase daya penghambatan oleh isolat bakteri endofit asal padi lokal Kamba secara in vitro dalam mengendalikan penyakit bercak ungu pada tanaman bawang merah. Pelaksanaan penelitian bertempat di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Pertanian Universitas Alkhairaat Palu. Metode penelitian secara kualitatif dengan melakukan uji reaksi hipersensitivitas pada daun tembakau dan pengujian kemampuan isolat bakteri endofit dalam menghasilkan senyawa HCN. Secara kuantitatif dengan mengamati daya hambat dari isolat bakteri endofit terhadap cendawan pathogen uji. Penelitian menggunakan rancangan acak lengkap yang terdiri atas 4 perlakuan isolat bakteri endofit (RKGU4, RKGU7, RKGU8 dan RKGU15) dengan 3 ulangan. Dari hasil penelitian diperoleh 2 isolat bakteri endofit yang memiliki kemampuan terbaik dalam menghambat pertumbuhan koloni cendawan Alternaria porri yakni RKGU8 dan RKGU15. Selain itu kedua isolat tidak berpotensi sebagai patogen berdasarkan uji reaksi hipersensitivitas serta memiliki kemampuan dalam memproduksi senyawa HCN. Isolat bakteri endofit memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai agens pengendali hayati yang ramah lingkungan.