A população de bubalinos estimada no Brasil é de aproximadamente 3 milhões de animais, encontrando-se distribuídos em todos os Estados brasileiros, com crescimento médio anual de 12%. Apesar disso, os trabalhos realizados buscando os avanços na bubalinocultura são escassos. Em função da complexidade etiológica da diarreia em bubalinos e da falta de informações recentes nesta área, o presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência dos principais agentes bacterianos e parasitários envolvidos na diarreia de bezerros búfalos lactentes, de explorações leiteiras semi-intensivas e intensivas em regiões dos estados de São Paulo e Paraná. De março de 2010 a junho de 2011, foram colhidas 53 amostras para exame coproparasitológico e 46 amostras para o exame bacteriológico de animais com quadro de diarreia nos municípios paulistas de São João da Boa Vista, Dourado, Pirassununga, Registro, Pariquera Açu, Pilar do Sul e uma propriedade no estado do Paraná, município de Santana do Itararé. No exame parasitológico, 45,28% (24) foram positivos para Eimeria spp., 26,42% (14) para Strongyloidea e 1,88 (1) para Toxocara vitulorum. No exame bacteriológico, 97,83%, (45) das amostras foram positivas para E. coli, contudo, somente duas foram consideradas patogênicas (E. coli STEC). Em uma amostra (2,17%) isolou-se Klebsiella pneumoniae; já a presença de Salmonella spp. não foi constatada. Para o presente estudo, a presença de endoparasitas foi bastante relevante, principalmente os casos Eimeria spp., sendo a higiene das instalações e falhas de manejo fatores importantes na ocorrência de diarreia em bezerros búfalos no estado de São Paulo.