Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan stabilitas sistem perbankan syariah dan konvensional di Indonesia beserta faktor yang mempengaruhinya. Penelitian ini menggunakan regresi data panel dengan mengambil sampel 9 aset terbesar bank syariah dan konvensional di Indonesia selama periode observasi 2010-2016. Alat analisis yang digunakan adalah analisis nilai Z-score dan regresi data panel. Hasil regresi menunjukkan bahwa secara simultan faktor internal yang terdiri dari pembiayaan berbasis PLS, NPF, LAR, BOPO, Ukuran Bank, HHI dan faktor Eksternal terdiri PDB dan inflasi berpengaruh signifikan terhadap stabilitas sistem perbankan syariah. Secara parsial variabel pembiayaan berbasis PLS, NPF, LAR, BOPO, Ukuran Bank dan PDB berpengaruh signifikan terhadap stabilitas sistem perbankan syariah. Sementara itu hasil regresi data panel menunjukkan secara simultan faktor internal (BI Rate, NPL, LAR, BOPO, Ukuran Bank dan HHI) dan faktor eksternal (PDB dan inflasi) berpengaruh signifikan terhadap stabilitas sistem perbankan konvensional. Secara parsial variabel BI Rate, BOPO, Ukuran Bank, HHI dan PDB berpengaruh signifikan terhadap stabilitas sistem perbankan konvensional. Hasil analisis perbandingan stabilitas sistem perbankan syariah dan konvensional di Indonesia melalui analisis nilai Z-score menunjukkan bahwa sistem perbankan syariah mempunyai stabilitas yang lebih baik daripada sistem perbankan konvensional.