No Brasil, a fim de minimizar o impacto da exploração de espécies arbóreas para fins comerciais em florestas nativas, plantios florestais têm sido implantados, majoritariamente, com espécies exóticas. A avaliação de tais cultivos quanto ao impacto proporcionado ao ambiente em atributos que podem garantir sua produtividade tem recebido maior atenção nos últimos anos, enquadrando-se neste contexto, o estudo de atributos microbiológicos. Deste modo, este trabalho teve como objetivo avaliar os impactos de plantios florestais de pinus e araucária sobre os atributos microbiológicos do solo e a estrutura da comunidade bacteriana, que podem funcionar como indicadores da qualidade do solo. Para tanto, foram coletadas amostras de solo em três áreas na Floresta Nacional de Três Barras (FLONA), Santa Catarina (SC): uma área de floresta nativa (F), uma área de reflorestamento com araucária (A) e outra com pinus (P). Posteriormente, foi realizada a caracterização química e física do solo, além das análises microbiológicas: respiração basal, atividade da enzima β-glucosidase e fosfatase ácida, e análise de composição da comunidade bacteriana por PCR-DGGE. Os solos das três áreas de estudo apresentaram baixa fertilidade, destacando a importância dos microrganismos para a manutenção desses ambientes. A atividade da enzima β-glucosidase e da fosfatase ácida foi maior nas áreas F e A, sugerindo maior presença de microrganismos importantes para a ciclagem de nutrientes. A análise da estrutura da comunidade bacteriana demonstrou que há uma baixa divergência entre as áreas de pinus e araucária. Pode-se concluir que, com base nos atributos microbiológicos e na estrutura de comunidades bacterianas do solo, em plantios florestais da Mata Atlântica, a araucária destaca-se como melhor alternativa para reflorestamento, visando à manutenção da qualidade do solo.