Initial molecular phylogenetic studies established the monophylly of the large genus Croton (Euphorbiaceae s.s.) and suggested that the group originated in the New World. A denser and more targeted sampling of Croton species points to a South American origin for the genus. The nuclear and chloroplast genomes indicate a different rooting for the phylogeny of Croton. Although we favor the rooting indicated by the chloroplast data our conclusions are also consistent with the topology inferred from the nuclear data. The satellite genera Cubacroton and Moacroton are embedded within Croton. These two genera are synonimized into Croton and a new subgenus, Croton subgenus Moacroton, is circumscribed to include them and their allied Croton species. Croton subgenus Moacroton is morphologically characterized by a primarily lepidote indumentum, bifid or simple styles, and pistillate flowers with sepals that are connate at the base. This newly circumscribed subgenus is found from North America to South America, and in contrast to the majority of Croton species most of its members are found in mesic habitats. The group is most diverse in the greater Caribbean basin. A molecular clock was calibrated to the phylogeny using the available Euphorbiaceae fossils. The timing and pattern of diversification of Croton is consistent with both the GAARlandia and Laurasian migration hypotheses. A single species, Croton poecilanthus from Puerto Rico, is placed incongruently by its nuclear and chloroplast genomes. The possibility of this species being of hybrid origin is discussed.Resumen Estudios moleculares preliminares establecieron que el género grande Croton (Euphorbiaceae s.s.) es monofilético y sugirieron que el grupo origino en el Nuevo Mundo. Un muestreo mas denso y especifico de especies de Croton apunta a un origen Suraméricano para el género. Los genomas nucleares y del cloroplasto indican una diferente raíz para la filogenia de Croton. Aunque favoramos la raíz Bot. Rev. (2008) 74:132-165 indicada por los datos del cloroplasto nuestras conclusiones también son consistentes con la topología deducida por los datos nucleares. Los géneros satélite Cubacroton y Moacroton están encajados dentro de Croton. Estos dos géneros son synonimizados dentro de Croton y un nuevo subgénero, Croton subgénero Moacroton, es circunscrito para incluirlos y las especies aliadas de Croton. Croton subgénero Moacroton esta caracterizada morfológicamente por un indumento mayormente lepidoto, estilos bifidos o simples, y flores pistiladas con sépalos unidos en la base. Este nuevamente circunscrito subgénero esta distribuido desde Norteamérica hasta Suramérica, y en contraste con la mayoría de las especies de Croton la mayoría de sus especies se encuentran en habitats húmedos. El grupo es mas diverso en la zona del Caribe. Un reloj molecular fue calibrado a la filogenia utilizando los fósiles de Euphorbiaceae disponibles. La sincronización y patrón de la diversificación de Croton son consistentes con las hipótesis de GAARlandia y la migración Laurasiana. Un...