Variable-selection approaches to generate QSAR models for a set of antichagasic semicarbazones and analogues

Scotti, Luciana; Ishiki, Hamilton Mitsugu; Peron, Leticia Marques de; Rezende, Leandro de; Amaral, Antônia Tavares do

doi:10.1016/j.chemolab.2016.03.023

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“…The selection includes from a single series of compounds to a few classes for the same target. Learning sets varied from 35 to 255 compounds for a defined biochemical target (in parenthesis) related to the following diseases: Alzheimer's (hBACE1) [45], asthma (CRTh2) [46], cardiovascular (ABHD6) [47], Chagas' (cruzain) [48], diabetes (PTP1B) [49], malaria (PfDHODH) [50], and schistosomiasis (SmTGR) [51]. All examples represent recent and validated models.…”

Section: Automated Qsar In Actionmentioning

confidence: 99%

On the Virtues of Automated Quantitative Structure–Activity Relationship: The New Kid on the Block

Oliveira

Katekawa

2018

Future Med. Chem.

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Quantitative structure-activity relationship (QSAR) has proved to be an invaluable tool in medicinal chemistry. Data availability at unprecedented levels through various databases have collaborated to a resurgence in the interest for QSAR. In this context, rapid generation of quality predictive models is highly desirable for hit identification and lead optimization. We showcase the application of an automated QSAR approach, which randomly selects multiple training/test sets and utilizes machine-learning algorithms to generate predictive models. Results demonstrate that AutoQSAR produces models of improved or similar quality to those generated by practitioners in the field but in just a fraction of the time. Despite the potential of the concept to the benefit of the community, the AutoQSAR opportunity has been largely undervalued.

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Section: Automated Qsar In Actionmentioning

confidence: 99%

On the Virtues of Automated Quantitative Structure–Activity Relationship: The New Kid on the Block

Oliveira

Katekawa

2018

Future Med. Chem.

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“…Para a compreensão da grandeza e da natureza dos efeitos eletrônicos transmitidos pelos substituintes, deve-se, necessariamente, mencionar o parâmetro eletrônico do substituinte, σ de Hammett (Hammet, 1937;Cherkasov, 2014 (Kubinyi, 1993;Raminelli, 2001 (Hansch & Leo, 1995;Amaral et al, 1997;Pires et al, 2001). (Cammarata, 1971;Kubinyi, 1993;Malvezzi, 2003;Scotti et al, 2016).…”

Section: Parâmetros Eletrônicos Estéricos E Relacionados à Polarizabunclassified

“…Nestes usou-se n-octanol (psa) como fase orgânica e 5 diferentes soluções aquosas (pso) de OcS com força iônica ajustada para I = 0,10 M (NaBr), (soluções B') como fase aquosa, preparadas nas correspondentes concentrações (mM) e proporções de OcS. (Amaral et al, 1997;Souza, 1997;Siqueira, 2001;Malvezzi, 2003;Malvezzi & Amaral, 2010;Moraes et al, 2009;Cheffer et al, 2012), antitumorais (Raminelli, 2001), antibacterianos (Pires, 1998;Pires et al, 2001), anti-HIV (Ishiki, 1999;Ishiki et al, 2001), antimicrobianos (Santos, 2009;USP/INPI Souza et al, 2010), antifúngicos (Fonseca, 2013), tuberculostáticos (Ishiki, 2005) e antichagásicos (Scotti, 2005;Scotti et al, 2016). Estes estudos foram realizados com o objetivo de contribuir para elucidar o mecanismo de ação destes compostos e, quando possível, para prever derivados mais potentes e/ou menos tóxicos.…”

Section: Brometo De N-benzil-nn-dimetil-2-(4-metilsulfonilbenzamido)unclassified

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Aplicação do conceito do par iônico e seus efeitos sobre a lipofilicidade de brometos de amônio quaternários estruturalmente análogos a procaína, com atividade de bloqueio da transmissão neuromuscular, para estudos de <i>(Q)SAR</i>

Silva¹

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“…Os descritores moleculares, coração da modelagem de QSAR, estão em constante evolução, com novas formas de representar as informações estruturais sendo constantemente desenvolvidas, aumentando e diversificando as aplicações [125][126][127]. Diferentes abordagens têm sido utilizadas para revelar os mecanismos subjacentes à atividade antiparasitária de produtos naturais, permitindo melhor compreensão desta seletividade biológica [128][129][130].…”

Section: Introductionunclassified

Triagem de inibidores da enzima DHODH de Leishmania major em Asteraceae: estudos metabolômicos e da relação estrutura-atividade quantitativa (QSAR)

Chibli¹

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Ao meu ver, a gratidão se traduz em atitudes bem mais do que em palavras. Porém, palavras que trazem em si sinceridade têm força e valia. Sendo assim, por princípio, sou grato à Divindade, nosso Pai Criador, que é a própria Vida! E por falar na Vida, agradeço à quem me trouxe a ela com segurança e amor, minha família (Omar, Vivette, Pedro, Anuar, avós, tias, tios e primos), e à quem me acompanha por ela com amor, carinho, paciência e alegria, minha amada esposa Paula. Passo agora a agradecer profissionalmente, ou seja, a tudo e a todos que foram fundamentais para a realização do meu curso de doutorado e para o desenvolvimento desta tese. Sou grato, portanto: À Fundação de Âmparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), por fornecer: a) bolsa de doutorado no país (processo n° 2014/01443-6), a qual permitiu minha manutenção em Ribeirão Preto durante mais de 4 anos e supriu todas as necessidades lojísticas para realização do projeto de pesquisa; b) bolsa de estágio de pesquisa no exterior (BEPE n° 2016/18579-3), por 9 meses, a qual se tratou de uma oportunidade única, agregando inestimável valor ao desenvolvimento deste trabalho e à minha formação profissional e pessoal. Agradeço também à Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e ao Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), pelo apoio. Ao meu orientador, Prof. Dr. Fernando Batista da Costa, por ter aberto as portas do seu grupo de pesquisa (AsterBioChem) e, consequentemente, da FCFRP-USP, dando a mim está valiosa oportunidade de realizar o doutorado sob sua supervisão. Gratissíssimo por toda orientação, incentivo, dicas, conselhos, conversas, risadas e por ter sido a "ponte de ligação" para a realização do estágio de pesquisa no exterior. Uma grande honra para mim ter sido seu orientado/aluno. À Profa. Dra. Maria Cristina Nonato (FCFRP-USP), pela participação e colaboração efetiva na etapa de bioensaios com a enzima LmDHODH. Muitíssimo obrigado por ter aceitado o convite de nos ajudar, disponibilizando todo seu conhecimento, eficiência e as instalações "de ponta" do seu laboratório de pesquisa (LCP). Obrigado também aos integrantes do LCP, especialmente a Iara e o Felipe, por toda ajuda e amizade. Foi uma honra ter sido um "agregado" deste laboratório. Ao Prof. Dr. Thomas J. Schmidt (IPBP, Universidade WWU-Münster, Alemanha), por ter aceitado minha proposta de pesquisa, possibilitando a realização deste "doutorado sanduíche" em um instituto de altíssima qualidade. Gratissíssimo por toda orientação, incentivo, suporte e receptividade. Foi uma honra ter feito parte do IPBP e convivído com pessoas tão amigáveis, inteligentes e capacitadas. Ao Prof. Dr. José Rubens Pirani (IB-USP, São Paulo) e à Dra. Carolina Moriani Siniscalchi, pelo fornecimento do material vegetal (folhas de diversas espécies de Asteraceae), principalmente referente ao gênero Chresta. Obrigado por esta valiosíssima contribuição, sem a qual este trabalho não seria possível. Ao Programa de pós-graduação em Ciências Farmacêuticas da FCFRP-USP, c...

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Variable-selection approaches to generate QSAR models for a set of antichagasic semicarbazones and analogues

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Aplicação do conceito do par iônico e seus efeitos sobre a lipofilicidade de brometos de amônio quaternários estruturalmente análogos a procaína, com atividade de bloqueio da transmissão neuromuscular, para estudos de <i>(Q)SAR</i>

Triagem de inibidores da enzima DHODH de Leishmania major em Asteraceae: estudos metabolômicos e da relação estrutura-atividade quantitativa (QSAR)

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