Dentre as ferramentas moleculares que utilizadas em estudos de composição gênica e estruturas de diversidade genética de populações, destaca-se o marcador ISSR (Inter Simple Sequence Repeats). Esta técnica é baseada em reações de PCR (Polimerase Chain Reaction) de iniciador único que amplifica fragmentos localizados entre as repetições de sequência simples (SSR), sem o conhecimento prévio das sequências de DNA das espécies estudadas. Esta revisão teve como objetivo levantar informações bibliográficas da aplicação de marcadores ISSR em estudos de conservação e ecologia. Através das análises dos artigos encontrados, pôde-se observar a eficiência, baseado nas conclusões apresentadas pelos autores citados, destes marcadores para estabelecer relações ecológicas, desenvolver estratégias de proteção de espécies ameaçadas e compreender processos evolutivos e biogeográficos que atuam em de diferentes táxons como: plantas, fungos, vertebrados e invertebrados.