Depuis plus d'un demi-siècle, les populations riveraines du lac Ahémé ont géré à leur manière cet écosystème par des modes de régulation qui garantissent peu la « santé » écologique de ce plan d'eau. Le résultat aujourd'hui, est la pollution des eaux, le comblement du lac, la disparition des forêts galeries, la disparition de certaines espèces halieutiques, la baisse des rendements, avec pour conséquence la dégradation des pêcheries. En effet, les conditions hydrologiques et morphologiques du bassin du lac Ahémé sont favorables à une sédimentation essentiellement bio-détritique terrigène. Mais les défrichements répétés, les prélèvements de la végétation pour les techniques de pêche et le bois de chauffage, ont entraîné la disparition du couvert végétal du bassin lacustre. L'assiette morphologique du lac Ahémé a été donc fragilisée par la forte emprise humaine exercée sur l'écosystème. Ces comportements des populations riveraines ont contribué à la dégradation du lac et à son appauvrissement en ressources halieutiques. Pour réhabiliter le lac Ahémé, il faudra envisager un plan de gestion durable afin d'assurer sa restauration écologique.

Le chenal de Cotonou abrite sur son plan d'eau plusieurs infrastructures dont trois (3) ponts qui relient les deux rives, un barrage et des pêcheries sédentaires. On constate également que les rives du chenal sont occupées par de nombreux dépotoirs sauvages d'ordures ménagères. Les interventions humaines sur le chenal ont engendré de nombreux problèmes environnementaux dont les plus significatifs sont la pollution, l'érosion des berges et des fonds, et le comblement du plan d'eau. La dégradation du chenal de Cotonou provient de plusieurs facteurs principaux, notamment la pollution, sous toutes ses formes, qui a affecté la qualité des eaux, la construction du port en eau profonde avec l'ouverture permanente du chenal ayant entraîné d'importantes modifications hydrologiques, hydrobiologiques et socioéconomiques, la construction du barrage de Cotonou qui présente un défaut technique dans le mécanisme de réglage des échanges mer-lagune et, enfin, les activités de la pêche malgré son interdiction dans le chenal par les pouvoirs publics. D'autres facteurs secondaires sont identifiés parmi les causes de la dégradation du chenal tels que, le transport illicite des produits pétroliers et l'extraction de sable lagunaire. L'équilibre biologique de ce chenal, point focal de notre diagnostic, passe inévitablement par la mise en oeuvre d'un plan d'actions qui vise à lutter contre la pollution des eaux, à assurer la régulation des échanges mer-lagune, à stabiliser les berges et à interdire la pêche dans le plan d'eau.