A nivel mundial 162 millones de niños no alcanzaron un desarrollo pleno de sus capacidades (Organización de las Naciones Unidas [ONU], 2014). El objetivo de nuestro estudio fue estimar la prevalencia de retraso en el neurodesarrollo y de estimulación oportuna de niños residentes de comunidades marginadas de diversas entidades rurales de México, y cuantificar su asociación con el estado de nutrición y otras variables sociodemográficas. Realizamos un estudio observacional, transversal, descriptivo y de asociación. La muestra fue de 37,495 niños de entre 11 y 13 meses de edad, provenientes de 1,830 localidades rurales de 750 municipios de las 32 entidades de la República Mexicana. El retraso leve del neurodesarrollo ocurrió en el 32.1%, el retraso moderado en el 21.9% y el grave en el 17.2%. El retraso grave se presentó en mayor medida en el estado de Guerrero, Chiapas y Puebla. La condición de estimulación Favorable se presentó en el 52.5%. La asociación entre la estimulación oportuna, el estado de nutrición y el neurodesarrollo es evidente y estadísticamente significativa (p<0.0001). La estimulación insuficiente fue la característica de mayor asociación para padecer atraso en el neurodesarrollo moderado y grave con una razón de momios de 3.440 (p<0.001). Estos datos son relevantes ya que no  existe información hasta el momento que nos indique esta asociación cuantificada.