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O estudo centra-se na discussão de que o nível da estrutura organizacional interfere nas práticas de controle interno das organizações não governamentais (ONGs), sobretudo ligadas à saúde. O objetivo deste trabalho foi o de observar a eficiência dos testes de controle interno aplicados dentro de uma estrutura organizacional da Fundação para Pesquisa, Prevenção e Assistência do Câncer, verificando a confiabilidade nos relatórios contábeis e controles operacionais. Como metodologia, realizou-se um estudo de caso em uma organização de saúde do terceiro setor. O estudo de caso ocorreu por meio de entrevistas e análises de relatórios confidenciais. Diante de uma avaliação da estrutura organizacional (das relações entre funcionários e voluntários) e da aplicação de procedimentos de avaliação da qualidade dos controles internos, avaliou-se o quanto o nível da estrutura organizacional interfere nas práticas de controle interno do hospital. Observou-se que existem mecanismos de controle estruturados na instituição, porém a execução desses controles deixa a desejar. Pode-se constatar também que o nível da estrutura organizacional interfere, sim, nas práticas de controle interno da entidade.