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a b s t r a c tApplication of DNA parentage assignment for commercial selection in aquaculture is still rare. An experiment was performed to quantify and to minimize maternal effects on growth in rainbow trout. Six hundred families were reared until 198 day post fertilization (dpf) according to two different procedures. In the first procedure (NORM), all families were pooled at eyed stage. In the second procedure (MIN), where maternal effects due to differences in egg size were expected to be minimal, the spawns were divided into sub-groups with similar mean egg weight at eyed stage. These sub-groups were then pooled when they achieved the same mean body length (147 dpf). Genetic parameters were estimated for body weight, body length and condition factor at 198 dpf, with 2964 fish assigned to their parents using microsatellites. Significant maternal effects were observed in the NORM group for body weight and body length (m 2 ¼ 0.08 7 0.03). The heritability of body weight was 0.16 7 0.07 in the NORM group and 0.367 0.06 in the MIN group, in which maternal effects were not significant. It is concluded that, when eggs of different females are mixed at eyed stage, maternal effects persist at least until 198 dpf. The proposed procedure efficiently limits maternal effects, substantially increasing the heritability for growth, and therefore the expected selection response.

Depuis 1991, des entreprises françaises sélectionnent la truite arc-en-ciel, la truite fario, le bar, la daurade et le turbot. Les éleveurs ont développé une expertise collective en matière de génétique quantitative, de contrôle de parenté assisté par empreintes génétiques, de monosexage, d’induction hormonale de la ponte, de triploïdisation et de conservation et congélation des gamètes, dans le cadre du Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF). Cette domestication s’appuie sur le transfert de la procédure de sélection sur la croissance PROSPER, élaborée par l’INRA, complétée de critères de sélection sur la qualité des carcasses (teneur en lipides des filets, rendement à l’éviscération) et d’une reproduction généalogique assistée par empreintes génétiques. L’amélioration des carcasses et de la chair est aussi réalisée par monosexage et triploïdisation. Depuis 2000, le transfert de la congélation du sperme est effectif. En 2003, entre 80 % et 100 % de la production française bénéficie de juvéniles provenant de programmes de sélection.

L’organisation des schémas de sélection découle des particularités biologiques (prolificité, intervalle de générations…) propres àchaque espèce ou groupe d’espèces, ainsi que de la nature des caractères d’intérêt (précoces, tardifs…). Dans les filières porcine etavicole, où la diffusion des reproducteurs est largement mondialisée, la concurrence entre opérateurs induit une course au progrèsgénétique impliquant de maximiser l’efficacité de la sélection dans les races ou lignées pures, ainsi que de profiter des différents avantagesdu croisement (hétérosis, complémentarité entre populations, utilisation de gènes majeurs) dans les limites permises par le tauxde reproduction élevé de ces espèces. La mise en oeuvre de ces principes conduit à des modalités d’organisation des schémas de sélectionet de croisement de type pyramidal, caractéristique de ces filières. Elles exercent en retour un effet structurant sur les opérateursgénétiques eux-mêmes, conduisant à une typologie caractéristique, modulée par certaines particularités biologiques des animaux (format...),par la segmentation du marché des produits commerciaux dans la filière avicole (espèces, marchés de niche…), et par l’importancerelative du secteur privé (partielle en filière porcine, totale en filière avicole). L’arrivée de la sélection génomique ne devraitpas bouleverser cette typologie, mais pose des problèmes de faisabilité économique.

L’INRA a confié à ses groupes « filières » une étude (2015-2016) visant à analyser et à quantifier les pertes alimentaires aux stades de la production agricole et de la transformation. Cet article synthétise le travail sur les filières animales. Grace à la construction d’une méthodologie par bilan de masse, l’étude a permis d’analyser le devenir des deux types de retraits pratiqués : les denrées alimentaires écartées de la consommation humaine et donc susceptibles, selon la définition de l’étude, d’induire des pertes alimentaires, d’une part, et les matières inconsommables par l’Homme d’autre part, lesquelles contribuent ensemble à la production des Sous-Produits Animaux (SPA). Les taux des pertes alimentaires varient de 3 à 8 % environ dans les filières animales, en lien avec les particularités d’espèces (sensibilité aux encéphalopathies spongiformes transmissibles, notamment). Les pertes alimentaires sont majoritairement liées à la valorisation des SPA en « pet food », sauf dans la filière bovine où la fraction incinérée est importante. En ce qui concerne les parties inconsommables pour l’Homme, l’alimentation du bétail et le « pet food » jouent un rôle différent selon les filières de provenance. Une part modeste (de 1 à 5 % chez les espèces terrestres, 15 % chez les poissons) donne lieu à une valorisation en alimentation du bétail et de façon indirecte à l’alimentation humaine. Cette partie serait beaucoup plus élevée encore si la part dédiée au « pet food » (laquelle varie de 6 à 25 % selon les filières) était réorientée au moins en partie vers les aliments du bétail. Notre étude a permis de montrer que les animaux d’élevage, et en particulier les monogastriques, ne sont pas que concurrents de l’Homme pour les ressources alimentaires, mais rendent service par la valorisation des sous-produits animaux et de ce fait, par la « non-mobilisation » de ressources.