No contexto atual da educação, o estudo de variáveis relacionadas às diferenças de gênero em estudantes do ensino superior contribui para a compreensão de variáveis associadas ao desempenho acadêmico bem sucedido. Assim, esta pesquisa objetivou verificar em que medida o desempenho dos estudantes no Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes - ENADE, do Brasil, variou segundo gênero, e variáveis socioeconômicas. Foram utilizados dados de 147.600 ingressantes e 129.876 concluintes de diversos cursos de graduação que fizeram o ENADE em 2005, selecionados por amostragem aleatória estratificada. Os estudantes responderam a 110 questões sobre o seu perfil socioeconômico e cultural. Os homens obtiveram desempenho médio significativamente maior que as mulheres, nos dois componentes, formação geral e conhecimentos específicos, nos cursos de Matemática, Letras, Biologia, História, Geografia e Filosofia. Observou-se certa tendência de modificação ou até inversão de papéis em áreas reconhecidas tradicionalmente como estereotipadas, o que pode estar refletindo no processo de ensino e relações sociais estabelecidas entre colegas e professores.