DBD dan chikungunya merupakan salah satu penyakit yang masih menjadi masalah di Indonesia. Kecamatan Cilongok merupakan salah kecamatan endemis DBD dan pernah mengalami KLB chikungunya. Deteksi virus pada nyamuk sebelum menginfeksi manusia penting sebagai peringatan dini dalam upaya pencegahan wabah di daerah endemis. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui infeksi virus Dengue dan Chikungunya pada nyamuk Aedes spp. yang ditangkap. Penelitian ini dilakukan di empat desa di Kecamatan Cilongok yang meliputi Desa Cilongok, Pernasidi, Kalisari, dan Jatisaba, pengambilan sampel dilakukan secara purposive. Deteksi virus Dengue dan Chikungunya pada nyamuk dilakukan menggunakan metode Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Hasil positifitas virus dianalisis secara deskriptif untuk menggambarkan potensi transmisi virus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nyamuk Aedes spp. yang tertangkap tidak mengandung virus Dengue dan Chikungunya.