O presente trabalho avaliou a qualidade do sedimento da orla de Santos por meio da realização de ensaios de toxicidade e caracterização da estrutura da comunidade de macrofauna bentônica em 7 pontos localizados nas desembocaduras dos canais de drenagem fluvial nas praias de Santos-SP. Foram realizadas duas campanhas (Verão-Fevereiro de 2008 e Inverno-Julho de 2008). Os ensaios de toxicidade com ouriço-do-mar Lytechinus variegatus foram realizados nos tratamentos elutriato e interface sedimento-água, conforme ABNT NBR 15350/2006. A macrofauna bentônica foi identificada em Mollusca, Crustacea e Polychaeta, e calculadas a densidade média (inds/0,026m²) e dominância de Polychaeta. Nas campanhas de Verão e Inverno, o tratamento interface sedimento-água apresentou toxicidade em todos os pontos, enquanto o tratamento elutriato somente apresentou toxicidade nos pontos 6 e 7. A dominância de polychaeta correlacionou-se negativamente (r =-0,56) com a granulometria e positivamente (r = 0,93) com a matéria orgânica da campanha de inverno, sendo algumas espécies bioindicadoras de ambientes poluídos e anóxicos.