A new begomovirus infecting Croton hirtus (Euphorbiaceae) from Colombia has been characterized. The complete DNA-A and DNA-B components were determined to be 2613 and 2551 nt in length, respectively, showing the typical genome organization of bipartite New World begomoviruses. DNA-A showed the highest nucleotide sequence identity (81.2%) to sida yellow mottle virus (JN411687), a begomovirus isolated from Sida rhombifolia in Cuba. Based on the current ICTV species demarcation criterion for the genus Begomovirus, we report a new member of this genus infecting C. hirtus. We propose that it be named Croton golden mosaic virus (CroGMV), based on the symptoms observed in the weed. Phylogenetic analysis revealed that CroGMV segregates into a single clade and has some relationship with viruses from Central America and the Caribbean. CroGMV is the first Croton-infecting bipartite begomovirus reported in the world.

Los begomovirus (virus de plantas de DNA de cadena sencilla) son la principal amenaza para los cultivos que crecen en áreas subtropicales y tropicales de todo el mundo. Hay muchos estudios que han demostrado que los begomovirus evolucionan por mecanismos de intercambio genético, que ocurren en hospedadores alternativos como las malezas. Las malezas están ampliamente distribuidas en todo el mundo y tienen una alta adaptabilidad ambiental. El objetivo de este trabajo fue identificar nuevos hospederos alternos de begomovirus en malezas asociadas con cultivos de aji que crecen en el Valle del Cauca. Malezas con y sin síntomas virales alrededor de cultivos de aji ubicados en los municipios de Zarzal, Vijes, Toro, Unión, Roldanillo y Guacarí fueron colectadas; Se realizó una identificación taxonómica en el Herbario de la Universidad Nacional de Colombia, Josep Cuatrecasas Arumí.La detección de begomovirus se realizó mediante PCR utilizando cebadores universales que amplifican 400 pb, correspondientes a un fragmento del gen AR1 (CP) del componente A. Se recolectaron 179 malezas y en 13 de ellas (Sida acuta, Malvastrum sp, Rivina humilis, Acalypha sp, Parthenium hysterophorus, Euphorbia hirta, Rhynchosia minima) se detectó la presencia de begomovirus. Para malezas como Sida acuta y Acalypha sp, este es el primer informe como hospedero alterno de begomovirus en Colombia, América Latina y el Caribe. Este resultado permite conocer nuevas familias como hospederas de begomovirus y también para confirmar la presencia de begomovirus en otras malezas donde se detectaron previamente en el Valle del Cauca. Existe una necesidad apremiante de obtener información adicional relacionada con la diversidad y la distribución de malezas como hospederos de begomovirus, con el fin de descubrir no solo el control del virus, sino también evitar la propagación del begomovirus de las malezas a los cultivos con interés económico.

Las arvenses son hospederos alternos de begomovirus (Geminiviridae), los cuales facilitan su persistencia y propagación a cultivos de interés agronómico, como el tomate. El objetivo de esta investigación fue obtener el genoma completo de un begomovirus bipartita encontrado en Amaranthus dubius, Rivina humilis, Rhynchosia minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., las cuales fueron colectadas en cultivos de tomate en Ginebra y Cerrito, Valle del Cauca. El genoma del begomovirus fue obtenido utilizando amplificación por círculo rodante y digestión con las enzimas EcoRI y EcoRV, las cuáles cortan el componente genómico A y B, respectivamente. Estos fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Finalmente, se verificó la presencia de este begomovirus en todas las arvenses mediante PCR específico. Se obtuvieron tres clonas EcoRI y cinco clonas EcoRV. Los fragmentos que portan los componentes A y B presentan un tamaño de 2 584 y 2 543 nt, respectivamente. El análisis de secuencia de nucleótidos del genoma begomoviral A con otros begomovirus previamente reportados, mostró la mayor identidad (90,9 %) con el virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Yucatán. Tomando como base el criterio de demarcación actual para las especies de Begomovirus establecido por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el geminivirus aislado de las arvenses A. dubius, R. humilis, R. minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., constituye una nueva especie begomoviral. Con base en la sintomatología observada en campo, se propone el nombre de Virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Colombia para designar a esta nueva especie.

Los begomovirus forman parte del grupo de virus emergentes que afectan cultivos de interés agrícola a nivel mundial. Las arvenses pueden constituirse fácilmente en hospederos alternos de estos virus y ser fuente de inóculo de los mismos. El objetivo de este trabajo fue detectar begomovirus presentes en arvenses asociadas al cultivo de tomate en Cundinamarca, Colombia. Se colectaron arvenses con y sin síntomas virales en cultivos de tomate localizados en los municipios de Pasca y Fusagasugá, Cundinamarca. Se purifico el DNA genómico total de cada arvenses y para evidenciar la presencia de begomovirus se realizó una reacción en cadena de la polimerasa con oligos específicos para detectar el componente genómico A viral. Se recolectaron 36 arvenses, de las cuales 22 especies fueron identificadas taxonómicamente. Stellaria media, Veronica persica, Galinsoga ciliata, Malva sylvestris y una especie de la familia Asteraceae resultaron positivas para begomovirus. Para las especies Stellaria media y Galinsoga ciliata, constituyen el primer reporte a nivel mundial como hospederos de begomovirus. La especie Veronica persica es identificada como reservorio de begomovirus por primera vez en América Latina. Finalmente, la especie Malva sylvestris y una especie de la familia Asteraceae se reportan por primera vez como hospederos de begomovirus para Colombia. El control efectivo de las arvenses identificadas como hospederos alternativos para begomovirus es una estrategia efectiva para disminuir el impacto de esta familia de virus en los cultivos de tomate.

Weeds are usually considered as a source of new viruses but are often neglected during diversity studies. Previously eleven samples of weeds were collected along the edges of a tomato crop field located in four municipalities (Florida, Ginebra, Cerrito and Candelaria) in the Southeast of Valle del Cauca. These samples were positive for begomoviruses but their molecular characterization had not been done until now. For each sample, DNA fragments were cloned, sequenced and analyzed. Nucleotide sequence analysis of viral fragments showed the presence of six different begomoviruses: two virus isolated from Lantana camara, Desmodium sp. and Amaranthus dubius were previously described as potato yellow mosaic virus (PYMV) and passionfruit leaf distortion virus (PLDV), respectively; other four virus which were isolated from L. camara, A. dubius, Rivina humilis, Desmodium sp., Rhynchosia minima, Hybanthus attenuatus, Verbena sp., Croton hirtus and Caesalpinia sp., showed its highest nucleotide sequence identity (89%) with bean chlorotic mosaic virus (BChMV), datura leaf distortion virus (DaLDV) and rhynchosia golden mosaic Yucatan virus (RhGMYV). Cloned viruses fragments from these weeds could be new begomoviruses not previously reported before, this in accordance with the ICTV species demarcation criterion for the genus Begomovirus (≥91 % sequence identity). Mixed infections of begomoviruses in Desmodium sp. and A. dubius weeds also was found in this analysis. Finally, this paper reports by the first time to three alternative begomoviruses weeds hosts that infect tomato and passion fruit crops: A. dubius for PYMV, and L. camara and Desmodium sp. for PLDV, respectively.