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Introdução: Desde o início da pandemia de COVID-19, têm sido notificados casos de coinfecção por Complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) e SARS-CoV-2, o que pode elevar o potencial de morbidade e mortalidade. Tais casos têm importância em saúde pública, sobretudo em populações sob condições de vulnerabilidade. Objetivo: Avaliar a detecção simultânea de SARS-CoV-2 e CMTB em população privada de liberdade (PPL), utilizando amostras de escarro e a plataforma GeneXpert. Material e métodos: Estudo prospectivo da precisão diagnóstica do Teste Rápido Molecular Xpert® Xpress SARS-CoV-2 em amostras de escarro. Para a detecção dos genes E e N2 de SARS-CoV-2 foi utilizado o cartucho Xpert Xpress SARS-CoV-2. Para a detecção dos genes IS6110 e IS1081 do CMTB e o gene de resistência à rifampicina foi utilizado o cartucho Xpert MTB/RIF Ultra. Com coletas paralelas de amostras de secreção da nasofaringe, a identificação da Covid-19 foi comparada com a metodologia padrão-ouro, RT-qPCR, utilizando o protocolo Charité com a detecção dos genes E, N e RdRP/S. Resultados: Foram testadas 282 amostras, com 13 detecções de CMTB, sem resistência a rifampicina; 14 detecções de SARS-CoV-2 e uma detecção de coinfecção CMTB/SARS-CoV-2. O escarro se mostrou vantajoso quando comparado com a secreção nasofaríngea, uma vez que, além de não causar desconforto ao paciente durante a coleta, não é necessária a atuação de um profissional para a sua execução. Conclusão: O estudo ganha uma inovação pela utilização de escarro na detecção do SARS-CoV-2 com o Teste Rápido Molecular Xpert® Xpress SARS-CoV-2, pois a Food and Drug Administration (FDA) dos EUA emitiu autorização para seu uso em amostras nasofaríngeas ou lavado/ aspirado nasal. O protocolo desenvolvido se mostrou simples e rápido, com desempenho e resultados comparáveis à metodologia padrão-ouro. Ainda, a realização dos dois testes simultâneos para a detecção do CMTB e SARS-CoV-2 em uma única amostra de escarro pode agilizar o atendimento e tratamento dos indivíduos, importante para todos, mas sobretudo para aqueles em condições de vulnerabilidade, como é o caso da população privada de liberdade, suportando as ações de interrupção da cadeia de transmissão de ambas as doenças.