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Tuberculosis (TB) and COVID-19 affect the lungs and are transmitted mainly by aerosols or particles of saliva from infected persons. Clinical similarities between diseases can affect correct diagnosis. Individuals belonging to the population deprived of liberty (PDL) are at increased risk of contagion due to precarious sanitary conditions and overcrowded environments. A variety of specimens may be suitable for the diagnosis of COVID-19, using molecular diagnostic techniques; however, there is little data on the analysis of sputum samples with the Xpert Xpress SARS-CoV-2® for the diagnosis of COVID-19, especially in this population group. The present study reports a case of TB and COVID-19 co-infection detected in sputum from an individual belonging to the PDL. For the detection, it used the GeneXpert platform (Cepheid, USA). Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) was detected using the Xpert MTB/RIF Ultra® cartridge and SARS-CoV-2 was detected using the Xpert Xpress SARS-CoV-2® cartridge. The genes IS6110 and IS1081 were detected within 80 min indicating the presence of MTC, with no mutations related to resistance to rifampicin. The SARS-CoV-2 E and N2 genes were detected within 45 min. The result was confirmed by RT-qPCR with detection of E, N, and RdRP/S genes in the sputum and nasopharyngeal (NP) specimens. Rapid diagnoses that allow the identification and differentiation of such diseases are important for adequate epidemiological surveillance, isolation of infected individuals, and interruption of the transmission chain. Using the GeneXpert platform, specimens can be tested as soon as they are received, without the need for prior preparation. The US Food and Drug Administration has issued emergency authorization for the use of the Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2 for the rapid detection of SARS-CoV-2 using specimens from a NP or nasal wash/aspirate. The case presented here gains an innovation with the use of the sputum to COVID-19 diagnosis.

Introdução: Desde o início da pandemia de COVID-19, têm sido notificados casos de coinfecção por Complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) e SARS-CoV-2, o que pode elevar o potencial de morbidade e mortalidade. Tais casos têm importância em saúde pública, sobretudo em populações sob condições de vulnerabilidade. Objetivo: Avaliar a detecção simultânea de SARS-CoV-2 e CMTB em população privada de liberdade (PPL), utilizando amostras de escarro e a plataforma GeneXpert. Material e métodos: Estudo prospectivo da precisão diagnóstica do Teste Rápido Molecular Xpert® Xpress SARS-CoV-2 em amostras de escarro. Para a detecção dos genes E e N2 de SARS-CoV-2 foi utilizado o cartucho Xpert Xpress SARS-CoV-2. Para a detecção dos genes IS6110 e IS1081 do CMTB e o gene de resistência à rifampicina foi utilizado o cartucho Xpert MTB/RIF Ultra. Com coletas paralelas de amostras de secreção da nasofaringe, a identificação da Covid-19 foi comparada com a metodologia padrão-ouro, RT-qPCR, utilizando o protocolo Charité com a detecção dos genes E, N e RdRP/S. Resultados: Foram testadas 282 amostras, com 13 detecções de CMTB, sem resistência a rifampicina; 14 detecções de SARS-CoV-2 e uma detecção de coinfecção CMTB/SARS-CoV-2. O escarro se mostrou vantajoso quando comparado com a secreção nasofaríngea, uma vez que, além de não causar desconforto ao paciente durante a coleta, não é necessária a atuação de um profissional para a sua execução. Conclusão: O estudo ganha uma inovação pela utilização de escarro na detecção do SARS-CoV-2 com o Teste Rápido Molecular Xpert® Xpress SARS-CoV-2, pois a Food and Drug Administration (FDA) dos EUA emitiu autorização para seu uso em amostras nasofaríngeas ou lavado/ aspirado nasal. O protocolo desenvolvido se mostrou simples e rápido, com desempenho e resultados comparáveis à metodologia padrão-ouro. Ainda, a realização dos dois testes simultâneos para a detecção do CMTB e SARS-CoV-2 em uma única amostra de escarro pode agilizar o atendimento e tratamento dos indivíduos, importante para todos, mas sobretudo para aqueles em condições de vulnerabilidade, como é o caso da população privada de liberdade, suportando as ações de interrupção da cadeia de transmissão de ambas as doenças.