Background: Cultivated peanut or groundnut (Arachis hypogaea L.) is the fourth most important oilseed crop in the world, grown mainly in tropical, subtropical and warm temperate climates. Due to its origin through a single and recent polyploidization event, followed by successive selection during breeding efforts, cultivated groundnut has a limited genetic background. In such species, microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers are very informative and useful for breeding applications. The low level of polymorphism in cultivated germplasm, however, warrants a need of larger number of polymorphic microsatellite markers for cultivated groundnut.

This study focus on developing new salinity tolerance and high yielding rice lines, using markers assisted backrossing (MABC). Total of 500 SSR markers on 12 rice chromosomes were screened for parental polymorphic markers. Of which, 52 primers in the Saltol region were checked with the two parents varieties to identify polymorphic primers for screening the Saltol region of the breeding populations. For each backcross generation of ASS996/FL478, approx. 500 plants were screened with 63 polymorphic markers distributed on 12 chromosomes. The two BC 1 F 1 plants P284 and P307 which had the highest recipient alleles up to 89.06% and 86.36%, were chosen for the next backcrossing. Three BC 2 F 1 plants with the recipient alleles up to 94.03% and 93.18% were used to develop BC 3 F 1 generation. The best BC3F1 plant was P284-112-209 with all the recipient alleles and Saltol region. The four plants P307-305-21, P284-112-195, P284-112-198, P284-112-213 were the second ranking with only one loci heterozygous (applied 63 markers covered on 12 chromosomes). These five plants were chosen as the breeding lines for result of Saltol-AS996 introgression. The breeding line BC 4 F 1 having 100% genetic background of donor variety is ready for develop new salinity tolerant variety ASS996-Saltol to cope with climate change.

The result of the study contributes to enhancing and sustaining future livelihoods and food security in Vietnam vis-a-vis climate change. An innovative strategy based on marker-assisted backcrossing (MABC) was used to transform popular rice variety AS996 into the one can tolerate submergence while maintaining its original characteristics preferred by farmers and consumers. The submergence tolerance QTL SUB1 counts for up to 70% of the submergence tolerant and provides a marked improvement of submergence tolerance in all genetic backgrounds and environments tested so far. Parental diversity was carried out with 460 markers. Of which, 53 polymorphic markers were used for assessment on BC1F1, BC2F1 and BC3F1 generations. The best BC1F1 plant was P422 with highest recipient allele was 87.5%, while the additional chosen plants were P412, P428, P215 and P39 (81% -84%). All these plants were used to develop BC2F1 generation. The six BC2F1 plants were used to develop BC3F1 and BC2F2 were the plants number P422-11 and P422-14 having 93.75% recipient alleles and P422-12, P422-3, P39-17, P39-25 having 92.25% recipient alleles. Total of 445 BC3F1 plants were confirmed the introgresion of SUB1 using ART5 and SC3. After three generations of backcrossing, application of MABC resulted in the best BC3F1 individual P422-14-177 with 100% of recipient alleles based on the number of 53 markers used with only the introgression size of SUB1 was 0.3 Mb between ART5 and SC3. Phenotyping was carried out on BC3F1 and BC2F2 of the selected lines. The survival ratio of these selected lines and IR64SUB1 were the same. It convinced the successfully introgress SUB1 into AS996 rice variety. The breeding line BC4F1 having 100% genetic background of donor variety is ready for develop new submergence tolerant rice variety ASS996-SUB1 to cope with climate change.

1 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam, *nguyenducthanh_pcg@ibt.ac.vn 2 Viện Di truyền Nông nghiệp TÓM TẮT: Phân tích quan hệ di truyền các giống lúa đặc sản, chất lượng ở Việt Nam là vấn đề rất quan trọng trong việc quản lý, bảo tồn nguồn gen, xác định giống cây trồng mới. Trong nghiên cứu này, 60 giống lúa đã được chọn lựa để nghiên cứu với 40 chỉ thị SSR. Tổng cộng có 180 allen được phát hiện bởi 33 chỉ thị cho đa hình với trung bình 5,45 allen/locus. Trong số 33 locus đa hình, tìm thấy 61 allen hiếm và 14 allen đặc trưng ở 11 locus. Kết quả cho thấy, các allen đặc trưng có thể nhận dạng đặc điểm phân tử, DNA của 12 giống lúa nghiên cứu. Hệ số đa hình di truyền (PIC) dao động từ 0,06 đến 0,83 với giá trị trung bình là 0,6. Hệ số tương đồng di truyền của 60 giống lúa nghiên cứu dao động từ 0,056 đến 0,77; hai giống có hệ số tương đồng di truyền thấp nhất là Jamin 85 (DS28) và LC93-1; hai giống có hệ số tương đồng di truyền cao nhất là Q5ĐB (DS42) và KDĐB (DS43). Các số liệu thu được trong nghiên cứu này cung cấp những thông tin quan trọng cho việc nghiên cứu chọn tạo các giống lúa đặc sản và chất lượng bằng phương pháp truyền thống và phương pháp phân tử.Từ khóa: Allen, chất lượng, chỉ thị SSR, đa dạng di truyền, lúa đặc sản. MỞ ĐẦULúa đặc sản là loại lúa cho sản phẩm chất lượng cao và mang tính đặc thù của vùng. Lúa đặc sản bao gồm các giống lúa thơm, lúa nếp và một số lúa japonica được trồng ở các vùng sinh thái khác nhau của Việt Nam. Trong các giống lúa thơm có Hương cốm, Hương chiêm, lúa Nàng nhen thơm. Các giống lúa nếp đặc sản có nếp Hoa vàng 1,2, nếp Cẩm đen, nếp Lá xanh... Các giống lúa này cùng với một số giống đặc sản cải tiến đã góp phần vào sự phát triển lúa gạo nước ta. Việc nghiên cứu đa dạng nguồn gen tập đoàn lúa đặc sản không chỉ có ý nghĩa trong việc bảo tồn các giống lúa đặc sản bản địa mà còn có ý nghĩa trong công tác chọn tạo giống lúa chất lượng cao.Bên cạnh những giống lúa đặc sản, những giống lúa chất lượng là một trong những giống đóng vai trò quan trọng nhất, tác động ảnh hưởng đến giá cả thị trường và người tiêu dùng. Nhu cầu về giống lúa chất lượng cao những năm gần đây thay đổi bởi sở thích của người tiêu dùng và yêu cầu thị trường mạnh mẽ. Phát triển giống lúa chất lượng cao là một trong những hướng đi chính trong tiến trình cải biến giống cây trồng mới.Sự tăng trưởng và phát triển các nguồn tài nguyên nông nghiệp chủ yếu phụ thuộc vào đa dạng di truyền giữa các giống cây trồng khác nhau. Các giống có cấu trúc di truyền khác biệt là nguồn nguyên liệu tốt để tạo ra các giống lúa cải tiến trong tương lai. Như vậy, xác định kiểu gen và mối quan hệ giữa các các kiểu gen là vô cùng quan trọng. Sự phát triển của kỹ thuật công nghệ sinh học mới cung cấp công cụ hữu hiệu hỗ trợ đánh giá sự biến đổi di truyền ở cả hai cấp độ kiểu gen và kiểu hình. Chỉ thị phân tử là công cụ mạnh mẽ trong việc đánh giá các biến dị di truyền, giải thích mối quan hệ di truyền trong và giữa các loài, hỗ trợ việc quản lý các nguồn tài nguyên di truyền thực vật [16,17,20].Trình tự lặp lại đơn ...