Objetivo. Analizar la susceptibilidad antimicrobiana de Helicobacter pylori a 5 antibióticos de referencia, en pacientes dispépticos del Servicio de Gastroenterología del Hospital Cayetano Heredia y la Clínica Cayetano Heredia en Lima, Perú. Materiales y métodos. Se colectaron biopsias gástricas de 500 pacientes diagnosticados con dispepsia. A partir de estas biopsias, se aislaron y cultivaron 273 cepas de H. pylori para confirmar la infección mediante el diagnóstico histológico y por cultivo. Finalmente, se analizó la susceptibilidad antimicrobiana mediante el método de microdilución en caldo y se evaluaron los perfiles de resistencia de cada antimicrobiano y los patrones de multirresistencia. Resultados. El diagnóstico de H. pylori por cultivo, comparado con la prueba histológica, reportó una sensibilidad del 83,8%, una especificidad del 89,9% y un área bajo la curva de 0,87 (IC95%: 0,84 a 0,90). La frecuencia de la infección en los servicios de gastroenterología del Hospital y la Clínica Cayetano Heredia fueron del 56,6% (237/419) y 44,4% (36/81), respectivamente. Según el Hospital/Clínica, se determinó la resistencia para amoxicilina (45,1%/29,6%), levofloxacino (71,8%/74,1%) y metronidazol (69,8%/63,0%). Los patrones de resistencia a múltiples antimicrobianos demostraron que las resistencias (dobles y triples) más frecuentes fueron con levofloxacino, metronidazol y amoxicilina. Conclusiones. La resistencia antimicrobiana de H. pylori ha aumentado con respecto a los años previos. Además, la resistencia múltiple de H. pylori presenta altas frecuencias en pacientes infectados. El método de microdilución en caldo podría ser implementado en los diferentes hospitales del Perú como una herramienta de vigilancia de la resistencia de H. pylori a los antimicrobianos.