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O ensino de Estrutura de Dados (ED), por si só, em cursos de computação já tradicionalmente apresenta desafios relacionados à compreensão do conteúdo. Com a pandemia da COVID-19 e a adoção do ensino remoto emergencial (ERE), esses problemas foram intensificados. Esta pesquisa apresenta uma abordagem para mitigar tais desafios por meio do uso do método da sala de aula invertida no ensino de ED. A pesquisa objetiva avaliar o impacto da aprendizagem e a aceitação dos alunos em relação ao uso do método no contexto do ERE. Participaram do estudo 79 alunos de um curso de Ciência da Computação durante três semestres de ERE. A avaliação do impacto na aprendizagem se deu por meio de pré e pós-testes, enquanto que a aceitação dos alunos foi feita por meio de respostas autodeclaradas coletadas em formulário eletrônico. A partir dos dados analisados, observou-se um ganho de aprendizagem médio de 25,35% e cerca de 74,7% de aceitação das aulas invertidas. Conclui-se que a metodologia usada impactou positivamente no desempenho e na aceitação em relação às práticas docentes no contexto do ERE.